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rya
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75 Messaggi

Inserito il - 16 marzo 2007 : 12:17:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di rya Invia a rya un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao a tutti nn so se potete darmi una mano ma ho i seguenti dubbi su alcuni argomenti di biochimica...potete spiegarmi questi passaggi che non ho ben capito e consigliarmi qualche sito o risorsa internet?i dubbi sono questi:

1-CHANNELING
Abbiamo, come esempio, una via metabolica con 3 enzimi. Vi sono delle trasformazioni successive per cui il substrato passa dal 1° al 2° al 3°enzima e ad ogni passaggio viene trasformato in un prodotto diverso:il 1° prodotto lascia E1 e diffonde prima di incontrare E2…così si perde tempo e deve immischiarsi con quello che c’è nella cellula .
La concentrazione sarà uniforme (uniforme rispetto al volume celulare?????)cioè n° di molecole / volume. Poiché la concentrazione è data da n° moli / litro, se abbiamo 10 molecole, avremo concentrazione 10 molecole / volume della cellula ,cioè n° molecole di prodotto / volume cellulare.
Se gli enzimi sono uniti , il primo prodotto non deve diffondere per trovare E2 e questo è un primo vantaggio. La concentrazione di prodotto della prima reazione è molto più alta poiché n° molecole / volume più piccolo tra E1 ed E2, così la concentrazione locale è molto più alta.
Questi 2 fenomeni sono vantaggiosi. La concentrazione aumenta e dalla cinetica enzimatica sappiamo che, la Km non è altro che la concentrazione di substrato[S] che dà metà della Vmax , in questo caso si raggiunge molto velocemente la Vmax e il n° di molecole che vengono trasformate aumenta.

2- la sintesi d’ATP avviene durante la fosforilazione ossidativa grazie all’ATP sintetasi a partire da ADP + Pi. La forza protonomotrice fornisce l’energia, ma se c’è solo questa forza la sintesi non avviene alla massima efficienza. E’ necessaria l’azione concomitante dei sistemi, i quali compensano lo squilibrio osmotico:
a)ADP - ATP: che spinge l’ADP ,dallo spazio intermembrana alla matrice ,e l’ATP ,dalla matrice allo spazio intermembrana. Compensa lo squilibrio osmotico. Immaginiamo di fornire ADP + Pi,alla fine si sintetizza ATP .L’ATP serve alle vie anaboliche, quindi quello prodotto nel mitocondrio deve fuoriuscire per raggiungere i compartimenti, dove vene utilizzato. L’ADP è, di conseguenza, il prodotto di scarto delle vie di sintesi.
b)Pi - OH- :che spinge lo ione OH- ,dalla matrice allo spazio intermembrana, e il Pi ,dallo spazio intermembrana alla matrice. Grazie a questo sistema la pressione osmotica si mantiene costante. Se aumenta la [H+] all’esterno, quindi i protoni tendono ad entrare, per la stessa ragione tendono ad uscire anche gli OH- quindi cresce la[OH- ] e tende ad uscire dal sistema di trasporto. (questa frase mi è oscura!!!!)Allora sono gli OH- , che escono , a spingere il Pi ad entrare consumando il gradiente protonico , perché OH- + H+ = H2O. Il gradiente protonico serve a fare in modo che i substrati per al sintesi entrino nei mitocondri.- Questo sistema impedisce le variazioni di pressione osmotica e le concentrazioni delle sostanze restano costanti. Le [ADP] e le [ATP] sono pressoché costanti per il fenomeno della microcompartimentazione. L’ATP4- e l’ADP3- passano attraverso il sistema di trasporto, generando l’ingresso netto di una carica positiva(quella del protone?). Nel sistema Pi OH- non c’è scambio di carica (carica netta zero) perché, entra solo idrogeno e non c’è scambio di carica.I 2 processi, sommati insieme, fanno ingresso di H+, che si divide in 2 componenti (è possibile?)per soddisfare l’ingresso di Pi e ADP. Si parla perciò di gradiente elettrochimico.
Infatti, il gradiente elettrochimico è dato da :
-gradiente di H: che serve a far entrare il Pi;
-gradiente di potenziale, :che serve a far entrare ADP. Le 2 componenti del gradiente protonico fanno si che la sintesi di ATP nel mitocondrio avvenga con la massima efficienza.
carica. La carica positiva del protone entra dal sistema ATP-ADP.


3-La molecola CREATINA è più piccola e più solubile, perché contiene dei gruppi NH2 e un gruppo carbossilico(COOH),che sono solubili perché hanno atomi elettronegativi che occupano la maggior parte della molecola e rappresentano una buona percentuale della molecola. Ciò significa che, su 7 atomi pesanti(quali sono pesanti?) totali 4 sono solubili e, rappresentando quasi il 40%della molecola, la rendono solubile.
Nel caso dell’ATP la percentuale tra gli atomi solubili(cioè quelli elettronegativi) e gli atomi di carbonio è più bassa ,quindi la molecola nel suo complesso è meno solubile.

Una molecola è più solubile perché gli atomi elettronegativi o elettropositivi rispetto al totale degli atomi rappresentano circa il 50%. (nel caso della CREATINA elettronegativi:2 atomi di azoto e 2 di ossigeno, metà degli atomi totali, e sono questi che conferiscono solubilità) Quindi su 9 totali 5 sono elettronegativi,cioè solubili in acqua. Allora la molecola è solubile.(quali sono i 4 atomi su 7 e i 5 su 9?....non ho capito... devo considerare la prima coppia, 4 e 7 , o 5 e 9?

4-CREATINA-FOSFOCHINASI. C’è l’isoenzima mitocondriale ,attaccato alla membrana mitocondriale e poi ci sono vari isoenzimi cellulari,ognuno dei quali ha la propria localizzazione in base al luogo in cui l’ATP deve essere utilizzato. Quindi ce n’è :
-uno in mezzo agli enzimi della glicolisi;
-uno nella retina(nei sistemi energetici???);
-uno nel reticolo sarcoplasmatico;


please help me!!!

chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 16 marzo 2007 : 22:27:02  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
1) Non sono d'accordo al 100% con il fatto che se gli enzimi sono separati avrai concentrazione uniforme rispetto al volume cellulare perchè questo è vero solo se l'enzima stesso è uniformemente distribuito. Comunque a parte queste (più o meno utili) precisazioni.... l'idea è che se devi costruire una macchina e lo fai tutto nello stesso stabilimento ci metti di meno che costruire la carrozzeria da una parte, mandarla da un'altra parte per verniciarla e da un'altra per metterci i sedili etc etc
Tornando agli enzimi il fatto della concentrazione locale funziona in questo modo: se hai due enzimi che sono molto vicini e il prodotto P di E1 va a finire direttamente vicino ad E2, avrai tanto P tutto concentrato vicino ad E2 invece di avere una molecola qui e una lì come nel caso di E1 lontano da E2.
L'enzima funzionerà quindi più efficentemente in questo primo caso.

2) Passo...

3) Forse vedere una struttura della creatina aiuterebbe?



Senza fare troppe storie su atomi elettropositivi ed elettronegativi, la creatina è solubile perchè è piena zeppa di gruppi che possono accettare/donare legami idrogeno (il COOH e i 2 NH2).
PS: Non ho idea di cosa si intenda per atomi pesanti sinceramente...

4) http://en.wikipedia.org/wiki/Creatine_kinase

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Balsamo del Canadà
Nuovo Arrivato

E. coli

Prov.: Verbano-Cusio-Ossola
Città: Verbania


97 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2007 : 10:30:07  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Balsamo del Canadà Invia a Balsamo del Canadà un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
2. Ti posso aiutare soltanto dicendoti che per quanto riguarda la frase sull OH- penso che si riferisca al fatto che per mantenere la pressione osmotica e il pH costante si genera un gradiente uscente di ioni OH- che semplicemente utilizzano l'appropriato sistema di trasporto che potrebe essere lo stesso dell'acqua e quindi delle porine (ammesso che esistano tra le due membrane mitocondriali, ma penso di si).
Per l'ingresso netto di cariche positive invece non penso sia il protone (che crea squilibrio di carcihe quando esce e lo pareggia sfruttando il gradiente creato quando rientrano provocando la sintesi di ATP) ma dal fatto che l'ATP sintetizzato viene mandato fuori verso gli altri compartimenti e porta con se 4 cariche negative. L'ADP che entra invece ne porta tre e quindi al netto è come se ci fosse una carica positiva in più nella matrice!
Penso sia così. Correggetemi se sbaglio.

3. Quoto totalmente chick sul fatto della solubilità. E' da pazzi fare il conto di tutti gli atomi elettronegativi rispetto al totale! Se ci sono gruppi ionizzati o ionizzabili al pH cellulare allora si ha solubilità. Poi al massimo un composto può essere più o meno solubile.
Se fai i conti comunque la coppia da considerare è la 5 su 9. Su nove atomi 5 sono di azoto o ossigeno (e non devi contare gli H).
In effetti la considerazione sugli atomi pesanti non è assolutamente chiara... io con atomi pesanti ho sempre indicato solo metalli ad alto peso atomico. Se si vuole indicare semplicemente atomi più pesanti del C allora si intende nuovamente N ed O ma questa volta non riesco a far quadrare i conti.

Ciao!!

-B.del C.-
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Patrizio
Moderatore

mago

Città: Vancouver


1900 Messaggi

Inserito il - 24 marzo 2007 : 20:09:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Patrizio  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Patrizio Invia a Patrizio un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Per completare rispondo alla 2,con la speranza che sia chiaro



innanzitutto,dire che il Pi entra con un controtrasporto e' uguale a dire che entra con un cotrasporto H-Pi,in quanto si tratta sempre di trasporto elettroneutro,la frase che ti e' oscura e' semplice,se i protoni vengono pompati nello spazio intermembrana si crea un potenziale elettrico e chimico?( H2O n ------->H+p+OH-n)e quindi i protoni sappiamo che rientrano grazie al gradiente elettochimico nella matrice tramite diversi sistemi e allo stesso modo gli OH- tenderanno all esterno trasportando in questo caso il Pi,sicuramente formeranno una molecola di H2O nello spazio intermembrana vista la elevata presenza di protoni ma la cosa importane di questo passaggio e quello che interessa e' che questo trasporto deve essere lettroneutro! andiamo avanti,il destino dei protoni è di vario genere,possono entrare con il trasportatore del piruvato possono entrare con un controtrasporto Ca++/3H,con un controtrasporto con una pompa protonica a livello della m.m.i ossia la Transdeidrogenasi,entra formalmente con il trasportatore dei nucleotidi adeninici(la risposta all altro tuo dubbio) e con il Pi-H.Le [ADP] e [ATP] sono pressocche costanti! io piu' che altro direi che il rapporto o la somma devono essere costanti perche' le loro variazioni si vanno a riperquotere su qualche altro sistema

Hai scritto: Nel sistema Pi OH- non c’è scambio di carica (carica netta zero) perché, entra solo idrogeno e non c’è scambio di carica.I 2 processi, sommati insieme, fanno ingresso di H+, che si divide in 2 componenti...... che lingua e'?


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