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fedepoulain
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17 Messaggi |
 Inserito il - 13 gennaio 2016 : 16:06:20
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Ciao a tutti mi potreste per favore:
Le ORF e i CDS sono o posso essere sinonimi?
Non vorrei aver capito male.
Io ho capito che le ORF sono regioni nucleotidiche che presentano un codone di inizio di solito ATG e uno dei tre di stop con in mezzo presentanza la sequenza codificante priva di interruzioni I(procarioti). Dipendendo dal punto di inizio, ci sono sei possibili alternative ( 3 sul forward strand e uno sullo strand complementare) di tradurre ogni seq. nucleotidica in a.a. Queste sono chiamate reading frames.
Mentre se volessimo ricercarlo in un eucariote sarebbe diverso in quanto le seq. non sono continue ma intervallate da sequenza non coding, gli introni. In questo caso dovremo prendere in considerazione la presenza delle seq. di kozak (analogo della shine-delgarno dei procarioti) che e' la seq. di sito di legame con il ribosoma. Essendo seq. conservate potrebbero indicare presenza di porzioni codificanti.
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La CDS (seq. codificante) significa solo che la seq. e' nota di DNA che si traduce per formare proteine. Mentre le ORF possono contenere introni la CDS sono quei nucleotidi (esoni) che possono essere suddivisi in codoni che sono di fatto tradotto in a.a. dal ribosoma.
Le ORF sono solo previste nella seq. ma non necessariamente sono seq. che saranno trascritte.
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Differenze ORF e CDS
