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 Analisi MicroArray -progetto bioinformatica
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franceF
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7 Messaggi

Inserito il - 24 febbraio 2017 : 12:31:19  Mostra Profilo Invia a franceF un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Buongiorno a tutti,
devo sostenere l'esame di bioinformatica e mi è stato assegnato il seguente progetto: Analisi MicroArray (Gene Expression)

Premetto che non ho una gran preparazione su tale argomento,nè conosco e so utilizzare i principali software di bioinformatica in quanto il corso è stato svolto in maniera teorica senza alcuna esercitazione.(I software utilizzati per l'analisi ed il preprocessing sono stati solamente citati(DMET Affymetrix, MeV etc)

Potreste darmi alcune dritte su cosa utilizzare?
Ciò che vorrei fare è un progetto semplice..dove magari analizzo dati 'grezzi',faccio il preprocessing e deduco se l'espressione di un gene è responsabile di una certa patologia.
Grazie, buon proseguimento

domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1723 Messaggi

Inserito il - 25 febbraio 2017 : 12:58:02  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Se non te l'hanno spiegato immagino sarà un lavoraccio.
Putroppo non ho esperienza nell'analizzare microarray, ma immagino una ricerca su Google potrà aiutarti.
"MicroArray analysis tutorial" per esempio restituisce questo:
http://www.ub.edu/stat/docencia/bioinformatica/microarrays/ADM/slides/A_Tutorial_Review_of_Microarray_data_Analysis_17-06-08.pdf
che mi sembra ben fatto.
Buono studio!!

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...
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franceF
Nuovo Arrivato



7 Messaggi

Inserito il - 25 febbraio 2017 : 15:54:54  Mostra Profilo Invia a franceF un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da domi84

Se non te l'hanno spiegato immagino sarà un lavoraccio.
Putroppo non ho esperienza nell'analizzare microarray, ma immagino una ricerca su Google potrà aiutarti.
"MicroArray analysis tutorial" per esempio restituisce questo:
http://www.ub.edu/stat/docencia/bioinformatica/microarrays/ADM/slides/A_Tutorial_Review_of_Microarray_data_Analysis_17-06-08.pdf
che mi sembra ben fatto.
Buono studio!!




Ti ringrazio!
Nel frattempo se qualcuno ha qualche idea o programma da proporre mi dica pure!
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franceF
Nuovo Arrivato



7 Messaggi

Inserito il - 03 marzo 2017 : 15:46:19  Mostra Profilo Invia a franceF un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Alla fine ho deciso di fare un breve tutorial sull'utilizzo di MeV. Essendo studentessa di ingegneria biomedica mi sono resa conto che non ho le conoscenze adatte e le competenze per interpretare i dati,compito che spetta secondo me ad un biologo o un biotecnologo. Cosa ne pensate?
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elisacarli
Nuovo Arrivato



83 Messaggi

Inserito il - 06 marzo 2017 : 20:31:19  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di elisacarli Invia a elisacarli un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
devi installare R ed usare i seguenti package
https://www.bioconductor.org/help/workflows/arrays/
si tratta per lo più di analisi stastiche mirate ad evidenziare l'espressione differenziale (es. tra campioni malati e sani)

Citazione:
Messaggio inserito da franceF

Buongiorno a tutti,
devo sostenere l'esame di bioinformatica e mi è stato assegnato il seguente progetto: Analisi MicroArray (Gene Expression)

Premetto che non ho una gran preparazione su tale argomento,nè conosco e so utilizzare i principali software di bioinformatica in quanto il corso è stato svolto in maniera teorica senza alcuna esercitazione.(I software utilizzati per l'analisi ed il preprocessing sono stati solamente citati(DMET Affymetrix, MeV etc)

Potreste darmi alcune dritte su cosa utilizzare?
Ciò che vorrei fare è un progetto semplice..dove magari analizzo dati 'grezzi',faccio il preprocessing e deduco se l'espressione di un gene è responsabile di una certa patologia.
Grazie, buon proseguimento


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