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Luis 22
Utente
Città: Bari
755 Messaggi |
 Inserito il - 05 aprile 2007 : 21:02:50
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Studiando le EST, mi sono arrestato al punto in cui, si introduce il discorso di due tipi di banche dati: Unigene (da NCBI) e Gene Index (da TIGR).
Le differenze generali penso di averle comprese, e cioè che Unigene crea un cluster di EST che corrispondono al singolo gene, mentre Gene index crea una sequenza consensus corrispondente al gene.
Quello che non capisco bene è l'applicazione, cioè a cosa mi servono concretamente e quando ricorro ad una banca e quando all'altra?
Non so se mi sono spiegato bene...
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La vita e i sogni sono fogli di uno stesso libro. Leggerli in ordine è vivere, sfogliarli a caso è sognare. (Arthur Schopenhauer)& |
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Gst
Utente Junior
Prov.: Roma
Città: Ariccia
143 Messaggi |
 Inserito il - 29 aprile 2007 : 10:46:29
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Io nn sn assolutamente in grado di risp alla tua domanda...anzi: mi accodo
Ma inoltre volevo sapere se ho capito bene: Uni Gene fa un cluster di EST corrispondenti a un gene, nel senso che raccoglie cDNA che derivano da splicing alternativo di uno stesso gene?
Inoltre...la consensus che propone Gene Index, serve per trovare geni omologhi o ortologhi?...Nn vedrei nessun altra applicazione!
Grazie... |
Ascoltami con gli occhi... |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 03 maggio 2007 : 20:22:08
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Guarda, le EST sono utilizzate per un sacco di cose, dallo studio dell'espressione di un gene in diversi tessuti fino allo studio dello splicing alternativo, alla predizione di sequenze codificanti o all'annotazione genica.
Noi in lab le utilizziamo principalmente per individuare le isoforme di splicing: per esempio se una EST si allinea in una regione considerata intronica, vuol dire che in realtà questa viene espressa almeno in un mRNA nell'organismo e si tratta quindi di un caso di splicing alternativo.
Sono un'alternativa economica al sequenziamento di ogni singolo mRNA presente in un tessuto o in una cellula, che sarebbe anche impossibile dal punto di vista pratico. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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