Forum

Nome Utente:
Password:
Riconoscimi automaticamente
Password Dimenticata?

 Tutti i Forum
 Laboratorio
 Bioinformatica e Biostatistica
 Problemi Allineamento Reads NGS
 Nuova Discussione  Nuovo Sondaggio Nuovo Sondaggio
 Rispondi Aggiungi ai Preferiti Aggiungi ai Preferiti
Cerca nelle discussioni
I seguenti utenti stanno leggendo questo Forum Qui c'è:

Aggiungi Tag Aggiungi i tag

Quanto è utile/interessante questa discussione:

Autore Discussione  

bizio90
Nuovo Arrivato



4 Messaggi

Inserito il - 05 luglio 2017 : 17:25:52  Mostra Profilo Invia a bizio90 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti,
io sono alle prime esperienze con l'NGS e ho un problema nell'analisi dei dati.
Nella prima corsa ho ottenuto dei dati non tanto confortanti dato che dal report della corsa vedo che ho quasi il 100% delle reads allineate ma solo il 20% di queste appartengono al target.
Ora il mio dubbio è che questo non sia un problema di preparazione delle librerie ma piuttosto un problema di allineamento dei dati.
Secondo la vostra esperienza da cosa può dipendere o come ci si approccia in questi casi?

domi84
Moderatore

Smile3D

Prov.: Napoli


1523 Messaggi

Inserito il - 05 luglio 2017 : 20:43:42  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao,
anch'io ho poca esperienza con la NGS, ma ne ho completata qualcuna.
Non ho capito cosa intendi con:
Citazione:

ho quasi il 100% delle reads allineate ma solo il 20% di queste appartengono al target.


E' una RNA seq? Stai allineando sul DNA?

P.S. che software usi? Galaxy?

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...
Torna all'inizio della Pagina

bizio90
Nuovo Arrivato



4 Messaggi

Inserito il - 06 luglio 2017 : 09:55:41  Mostra Profilo Invia a bizio90 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao Domi,
effettivamente non ho dato molto informazioni, comunque è un enrichment panel gene custom.
Per ri-allineare le sequenze non ho usato programmi di bioinformatica perchè con questo tipo di kit viene fornito un file manifest.
Con il manifest il sequenziatore dovrebbe ri-allineare le sequenze secondo il mio pannello target.
Dai report dell'analisi però vedo che solo il 20% delle reads sequenziate è on-target.
Ora non so se questo dipende semplicemente dalla preparazione delle librerie, e quindi un errore dell'operatore, o se sia semplicemente un problema di ri-allinemento. Dubito che siano degli aspecifici dato l'elevato numero.
Dato che non ho grande esperienza neanche con la programmazione chiedo se per esperienza qualcuno avuto lo stesso problema.
Torna all'inizio della Pagina

domi84
Moderatore

Smile3D

Prov.: Napoli


1523 Messaggi

Inserito il - 06 luglio 2017 : 20:58:09  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Io ho fatto RNAseq, quindi non ho esperienza in questo.
Come viene fatto l'enrichment? Per PCR? L'avete fatta voi?
Puo essere che c'è stata una contaminazione avete amplificato altre cose che sono state sequenziate?!


Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...
Torna all'inizio della Pagina

bizio90
Nuovo Arrivato



4 Messaggi

Inserito il - 10 luglio 2017 : 09:56:39  Mostra Profilo Invia a bizio90 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
In realtà è la prima prova con questo kit in più tra una multiplex e l'altra ho una fase di ibridazione con delle sonde complementari al mio target coniugate a beads magnetiche.
Ora non so più cosa pensare se sia un problema di aspecifico,di ri-allineamento delle reads, un problema di contaminazione o cattiva "bontà" del pannello stesso.
Oggi provo a vedere i fastq anche per capire dove sta l'errore e non rifarlo nella prossima preparazione delle librerie ;)
Torna all'inizio della Pagina
  Discussione  

Quanto è utile/interessante questa discussione:

 Nuova Discussione  Nuovo Sondaggio Nuovo Sondaggio
 Rispondi Aggiungi ai Preferiti Aggiungi ai Preferiti
Cerca nelle discussioni
Vai a:
MolecularLab.it © 2003-14 MolecularLab.it Torna all'inizio della Pagina