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Tag   bioinformatica    predizione    tool    siti di binding    fattori di trascrizione    RNA-seq  Aggiungi Tag

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carmen.grandi
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2 Messaggi

Inserito il - 18 maggio 2020 : 10:12:58  Mostra Profilo Invia a carmen.grandi un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti!
Ho bisogno di un consiglio, dato che le mie conoscenze bioinformatiche sono piuttosto limitate..sto analizzando alcuni dati di un RNA-Seq ottenuto dopo silenziamento di un lncRNA e voglio sapere se alcuni dei geni up- e down-regolati dal trattamento condividiono siti di binding per gli stessi fattori di trascrizione.
Io avevo pensato di allineare le sequenze dei geni in questione e, una volta trovate le sequenze comuni, capire quale fattore di trascrizione ci si possa eventualmente legare. Però sono sicura che esista qualche tool che mi dia in uscita già le sequenze allineate e i possibili fattori di trascrizione comuni tra le sequenze. Come potrei fare?

Grazie

domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1722 Messaggi

Inserito il - 26 luglio 2020 : 20:11:45  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Mmm...dipende da che numberi hai, puoi provare LISA lisa.cistrome.org o magari qualche tool di meme se vuoi fare qualcosa di nuovo http://meme-suite.org/

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...
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