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cece23
Nuovo Arrivato
14 Messaggi |
 Inserito il - 24 maggio 2007 : 15:57:39
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Ciao a tutti
Ho assolutamente bisogno di sapere se posso utilizzare PAML per fare un'analisi di selezione positiva all'interno di una stessa specie. In pratica devo analizzare la diversità di un gene in 32 differenti ceppi di una specie fungina. Ho provato a usare il McDonald-Kreitman test confrontando la mia specie con una molto affine e il risultato è negativo, cioè non c'è selezione positiva.
Questo risultato non mi soddisfa perchè avevo fatto l'ipotesi opposta.
Qualcuno di voi sa come si usa PAML? Quale albero devo inserire per fare l'analisi codeml? Quali sono i limiti?
Se qualcuno di voi lo sa, vi prego di rispondere a questo messaggio perchè devo consegnare un lavoro al più presto.
Vi ringrazio anticipatamente.
Ciao
Emanuele
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Zanna
Nuovo Arrivato
Prov.: Lecco
33 Messaggi |
Inserito il - 28 maggio 2007 : 17:30:23
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Ciao,
per cercare selezione positiva (dN>dS) devi usare il programma codeml.
Non è affatto semplice, nè capire come funziona, nè capire cosa ci sta sotto, quindi se hai poco tempo te lo sconsiglio. Prova a guardare tra gli esempi che propone Yang nel pacchetto e troverai certamente qualche cosa che fa al caso tuo. L'albero non ha molta importanza, fai pure un NJ in formato Newick (a parentesi), però ricordati che nel file di configurazione (codeml.ctl) devi specificare se è rooted o no.
Fai attenzione all'allineamento, che non contenga codoni di stop nemmeno in ultima posizione, e controlla ad occhio che non ci siano frame shift, nel caso correggi a mano.
Ciao
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