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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
 Inserito il - 28 maggio 2007 : 09:46:44
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Ciao a tutti,
vi è mancata la mia assenza?
Il problema è che ora il piccolo biotecnologo deve crescere un po' di più come bioinformatico.
Sto cercando qualche web server per fare fold recognition e/o threading (NON homology modelling, non ho templati decenti!). Per il momento pero' preferirei evitare i metodi ab-initio (Rosetta e compagniabella). Oltre a 3D-PSSM cosa mi suggerite? Ho sentito parlare pure di metaserver: come funzionano?
please, giratemi qualche link (e magari un po' di materiale "for dummies" visto che è la prima volta che faccio threading)
GRAZIEGRAZIEGRAZIE
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http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 28 maggio 2007 : 14:22:31
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Hola kORdA!
Nessun problema per l'assenza ma ricordati che per diventare bioinformatico, devi promettere di sacrificare almeno un'ora al giorno a cercare di conquistare il mondo! :)
Non ti so aiutare molto specificatamente, pero' potresti dare un'occhiata a questo flowchart che e' abbastanza for-dummies per la predizione della struttura terziaria di una proteina, e sembra piuttosto completo:
- http://www.russell.embl-heidelberg.de/gtsp/flowchart2.html
Ho visto che questa domanda e' abbastanza gettonata nel forum... adesso metto questa discussione in rilievo, poi se ti va di dare una mano per questo documento: http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=3191 sarebbe cosa buona. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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m_a_r_c_o84
Nuovo Arrivato
Prov.: Bologna
Città: Bologna
4 Messaggi |
Inserito il - 12 giugno 2007 : 14:18:31
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Se ti serve un programma di fold recognition basato su threading puoi provare ad usare GenTHREADER, disponibile presso il server psipred http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/
Per la sua documentazione c'è questo e gli articoli correlati:
PMID: 10191147
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 12 giugno 2007 : 14:26:13
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Citazione:
Messaggio inserito da m_a_r_c_o84
Se ti serve un programma di fold recognition basato su threading puoi provare ad usare GenTHREADER, disponibile presso il server psipred http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/
Per la sua documentazione c'� questo e gli articoli correlati:
PMID: 10191147
Grazie, ma penso che userò Threader classico. Vorrei provare anche Fugue... |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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Solo fold recognition o threading
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