Threader lumaca o è colpa mia?

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kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Città: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 21 giugno 2007 : 15:55:14

PREMESSA: dovrei fare threading su una proteina multidominio che di domini, anche se + o - simili, ne ha 18...

Sto provando ad usare Threader in locale su un Pentium4 da 3GHz (dist.linux: Fedora Core 4 kernel: 2.6.11-1.1369_FC4smp).

Giusto così per imparare ho lanciato threader su una sequenza contenente un solo dominio (circa 100 residui): tempo impiegato intorno ai 20min.

Ora ho sottoposto una sequenza di circa 300aa (3 domini); gli ho dato in pasto come input un file formattato PSIpred, anche se per il momento non gli ho fatto tener conto della predizione di struttura secondaria, è solo un job di controllo. Fatto è che sta macinando da circa 3 ore e non si vede ancora la luce in fondo al tunnel... è normale?

Il comando che ho dato è il seguente:

nohup threader -i3 -x5 -p -h0 ../seq20-333.ss2 result.out > log

come potrete notare ho raddoppiato la penalty sull'estensione dei gaps (-x5).

Un'altra cosa... è possibile lanciare un job di threader distribuendo il calcolo su più nodi? Come si fa?

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada