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Autore

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Crick82
Utente Junior

139 Messaggi

Inserito il - 23 giugno 2007 : 11:10:30

Una domanda banale.
Dopo aver estratto l'RNA ed aaverlo quantizzato, procedete sempre alla corsa dei campioni su gel oppure procedete direttamente alla fase di trascrizione inversa?

Gabriele
Utente

Prov.: Pisa
Citt�: Pisa

615 Messaggi

Inserito il - 23 giugno 2007 : 15:38:52

Sempre prima una corsa di verifica

"Chi rinuncia alla libert� per la sicurezza, non merita n� la libert� n� la sicurezza. E finir� col perdere entrambe."

Biochica
Utente Junior

285 Messaggi

Inserito il - 25 giugno 2007 : 10:56:23

La quantificazione pu� darti un risultato non del tutto attendibile...magari l'RNA c'� ma � degradato!
Lo devi correre sempre e verificare le tre bande

Io non sono cattiva...� che mi disegnano cos�...
-Jessica Rabbit-

Gst
Utente Junior

Prov.: Roma
Citt�: Ariccia

143 Messaggi

Inserito il - 27 giugno 2007 : 19:54:56

E' buona norma correre sempre l'RNA estratto su gel d'agarosio: oltre a verificare che sia in buono stato (nn degradato) � possibile anche verificare la quantizzazione...

Ossia...fatta la quantizzazione caricherai il volume necessario a vedre una banda di una data intensit�...se la banda che osservi dopo la corse � diversa da quella attesa, vuol dire che la quantizzazione nn � stata precisa.

Inoltre, la quantizzazione nn ti permette di distinguere DNA da RNA (entrambi hanno massimo di assorbimento a lung d'onda 260nm)...qndi potresti aver sovrastimato l'estratto, perch� parte di quello quantizzato � DNA e NN RNA!!! Dalla corsa elettroforetica saresti in grado di distinguere i 2 diversi acidi nucleici e quindi accorgertene!

Mi sembrano buone ragioni per fare un'analisi elettroforetica del campione:) per qsto io lo faccio sempre!

Ascoltami con gli occhi...

LUCIA14976
Nuovo Arrivato

20 Messaggi

Inserito il - 27 giugno 2007 : 22:38:06

se il campione di RNA estratto non viene corso in condizioni denaturanti (es. gel di formammide) l'indicazione che si ha (es. da una corsa su gel di agarosio) � decisamente approssimativa. Inoltre se il metodo di estrazione dell'RNA � standardizzato la degradazione non � mai un cos� grosso problema, almeno che non si lavori con trascritti presenti in bassissime concentrazioni. quello che veramente pu� fare la differenza tra diverse estrazioni di RNA � la concentrazione di impurit� nel campione (sali e/o proteine)in quanto possono interferire con la reazione di retrotrascrizione. Le impurit� possono per� essere rilevate durante la quantificazione del campione con uno spettrofotometro (nanodrop o altro)

cin
Utente Junior

Prov.: Padova
Citt�: Padova

558 Messaggi

Inserito il - 28 giugno 2007 : 12:16:59

Noi andiamo direttamente alla quantificazione e quindi all'RT se si tratta di cellule, se invece sono tessuti diamo prima un'occhiata alla qualit� dell'RNA mediante corsa con il Bioanalyzer dell'Agilent.
Considera che il metodo sono anni che � standardizzato.
Per vedere le contaminazioni usiamo kit commerciali, ma solo se abbiamo avuto problemi con quei campioni.

samanta
Nuovo Arrivato

Prov.: Pavia
Citt�: Godiasco Loc. S.Terme

1 Messaggi

Inserito il - 06 maggio 2008 : 09:06:01

Volevo sapere per cortesia da chi utilizza il nanodrop per quantizzare gli acidi nucleici, se ha provato a quantizzare l' RNA e il corrispondente cDNA dopo RT e quali valori indicativi di concentrazione ha trovato. Grazie