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nemoz18
Nuovo Arrivato
8 Messaggi |
 Inserito il - 26 gennaio 2005 : 11:53:19
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Ciao a tutti,
devo selezionare le alpha eliche in una proteina, dopo devo disegnare in colore ciano i ponti idrogeno ad esse associati... alla fine devo farlo anche per i foglietti beta...
per favore rispondetemi non ce la faccio più a provare....
grazie millissime...
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
 Inserito il - 31 gennaio 2005 : 10:59:19
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Innanzittutto tieni presente che nella maggior parte dei files .pdb gli atomi di H non sono presenti, perchè la risoluzione del cristallo ottenuto non è sufficente. Purtroppo questo è un limite fisico della tecnica X-Ray, quindi a parte alcune piccole proteine, per le quali sono stati ottenuti cristalli purissimi (ad esempio la crambrina, se non mi sbaglio), quasi tutti i files .pdb sono così. In genere gli H si vedono a risoluzioni minori di 2.0 A.
Ci sono cmq dei programmi in grado di aggiungere gli atomi di H calcolandoli automaticamente. Io ti do gli indirizzi, però non li ho mai provati:
-www.ddl.unimi.it: -> il programma VEGA, dell'università di Milano
-http://swift.cmbi.kun.nl/WIWWWI/ -> questo sembra essere il migliore, ma non ho capito se è a pagamento.
-http://www.yasara.org/viewdl -> programma scaricabile, vai su Edit > Add > Hydrogens to all
-http://kinemage.biochem.duke.edu/molprobity/index-king.html -> software 'REDUCE'
-http://www.umass.edu/microbio/chime/beta/pe_gecko/protexpl/psbiores.htm#molprobity -> boh!
spero di esserti stato utile: per favore, fammi sapere se questi programmi funzionano!! 
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Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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nemoz18
Nuovo Arrivato
8 Messaggi |
Inserito il - 01 febbraio 2005 : 11:05:22
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Grazie li proverò e ti farò sapere... LOVE&PEACE 5:-) |
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atreliu
Amministratore
Prov.: Milano
Città: Milano
2484 Messaggi |
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