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 valutazione modelli di proteine di membrana...
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masavini
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3 Messaggi

Inserito il - 29 giugno 2007 : 10:44:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di masavini Invia a masavini un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao a tutti!

sto facendo un banalissimo modeling seguendo una banalissima procedura 3d-Jury + clustalW + modeler su una per nulla banale proteina di membrana...
come posso valutare grossolanamente i modelli generati? per la valutazione fine uso Procheck, e non c'è problema, ma per dare una prima sgrossata ed eliminare tutti i modelli insensati mi affidavo al buon vecchio Prosa... forse non tutti sanno che prosa è affidabile solo per proteine solubili, mentre il force field utilizzato non è attendibile nel caso di proteine di membrana: ho provato io stesso a calcolare lo zscore di una STRUTTURA raggi x, e il punteggio ottenuto è stato attorno a -4.50... uno schifo, indice del fatto che la valutazione era un po' sballata...
qualcuno conosce il modo di effettuare una prima selezione dei modelli di proteine di membrana?

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 29 giugno 2007 : 11:27:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao,
il gruppo che organizza la specialistica di bioinformatica a Bologna, quello della prof.Casadio, é famoso per la ricerca sulla predizione di struttura delle proteine di membrana (hanno vinto un CASP qualche anno fa).

Puoi provare a guardare sul loro sito:
- http://gpcr.biocomp.unibo.it/
- http://biocomp.unibo.it/

e vedere se c'è qualcosa che ti può essere utile.. al massimo, puoi chiedergli aiuto via mail.

Io purtroppo sono un esule fuggito all'estero e di predizione di strutture di proteine so molto poco.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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