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martinastra
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 Inserito il - 13 luglio 2007 : 17:39:41
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GLI ANGOLI TORSIONALI LUNGO LA CATENA PEPTIDICA VENGONO INDICATI CON OMEGA PHI PSI. I PIU IMPORTANTI SONO PHI E PSI PERCHE SONO LEGAMI SIGMA E QUINDI POSSONO DAR LUOGO ALLA FORMAZIONE DI CONFORMERI. I VALORI DEI DUE ANGOLI TORSIONALI PHI E PSI SONO IMPORTANTI PER DEFINIRE L'ESATTA GEOMETRIA DELLA PROTEINA. NON TUTTE LE TORSIONI DEI DUE ANGOLI SONO CONSENTITE IL PRIMO CRITERIO DA VALUTARE è LA COMPATIBILITA TRA I VALORI PHI E PSI PERCHE SE GLI ANGOLI SONO INCOMPATIBILI LA MOLECOLA SI TROVA AD ALTA ENERGIA. L'ANALISI IN 2D DEI VALORI COMPATIBILI TRA GLI ANGOLI PHI E PSI RAPPRESENTA IL PLOT DI RAMACHANDRAN. ESSO PRESENTA 4 QUADRATI ALCUNI RAPPRESENTANO GLI ANGOLI NON CONSENTITI E ALTRI QUELLI CONSENTITI. LE ZONE COLORATE OD OMBREGGIATE NEL PLOT CORRISPONDONO ALLE REGIONI "CORE" CHE RAPPRESENTANO LE COMBINAZIONI FAVORITE DI PHI E PSI. IL PLOT DI RAMACHANDRAN CI PERMETTE COSI DI VALUTARE IN 2D QUALI SONO LE CONFORMAZIONI PIU STABILI.LA CONFORMAZIONE OTTIMALE è QUELLA CUI VENGONO MINIMIZZATE LE INTERAZIONI REPULSIVE TRA ATOMI ADIACENTI.
QUESTA MIA DEFINIZIONE DEL PLOT DI RAMACHANDRAN è CORRETTA?
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Ramachandran plot
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