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Discussione

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Prov.: Catania
Citt�: Catania

30 Messaggi

Inserito il - 02 agosto 2007 : 17:47:17

Ciao a tutti.
Qualcuno di voi conosce programmi che ricerchino in una sequenza nucleotidica od aminoacidica sequenze ripetute dirette od invertite?
...vi prego di darmi una risposta il pi� presto possibile.
Grazie a tutti

Dabar

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 02 agosto 2007 : 20:13:05

Vediamo se ho capito bene:
- tu hai una sequenza e vuoi sapere se all'interno di essa vi siano sequenze palindromiche o ripetute o invertite.

Il metodo pi� semplice consiste nell'allineare la sequenza contro se stessa e osservare il suo dotplot.

Prova a guardare gli esempi illustrati qui:
- http://www.clcbio.com/index.php?id=477

come vedi, quando una sequenza viene allineata con una seq. uguale, si forma una diagonale completamente diritta; quando ci sono delle inversioni, ci sono delle diagonali (o una croce) che si interrompono e corrono in direzione opposta (http://www.clcbio.com/scienceimages/dotplot_inversion.png).

Di programmi per calcolare il dotplot ve ne sono tanti, puoi provare emboss via interfaccia web (per esempio http://embossgui.sourceforge.net/demo/), per� se ci dici che sistema operativo usi e se hai pratica con comandi da shell ti possiamo aiutare meglio.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

dabar
Nuovo Arrivato

Prov.: Catania
Citt�: Catania

30 Messaggi

Inserito il - 06 agosto 2007 : 14:10:43

Grazie Mille dallolio_gm.
Provo subito!
A presto
dabar