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cin
Utente Junior
Prov.: Padova
Città: Padova
558 Messaggi |
 Inserito il - 13 agosto 2007 : 14:58:31
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Ma devono capitare tutte a me?
Premetto che non è un errore, almeno non può esserlo perchè ho ripetuto il tutto.
Ho usato un nuovo primers per la sequenza che doveva essere un F(2) e se nella boccetta c'è quello che c'è scritto fuori così dovrebbe essere.
Fatto sta che la sequenza è bella, la vado ad allineare con il mio gene e non si allinea bene, siccome appariva come quando certe volte mi dimentico di revertare la sequenza, mi dico: proviamo a revertarla...e....si allinea perfettamente con il mio gene! E proprio a partire dall'inizio del primer.
Premetto che questo primer è un primer interno, nel senso che è all'inizio dell'esone, prima usavamo un primer F(1)più esterno che cominciava nella zona intronica ma che su tutti i soggetti analizzati ci dava una sequenza doppia, così abbiamo pensato che forse la regione intronica aveva qualcosa che non andava e così abbiamo deciso di costruirci due primers più interni F(2) e F(3), con F3 le sequenze sono tutte doppie.
La prima cosa alla quale uno pensa è errore umano: ho ripetuto il tutto e si conferma.
Forse la ditta ha sbagliato a sintetizzare il primer? Ma come può essere possibile?
Io penso che ci sia un qualcosa proprio insito in quel frammento di DNA che non riesco a spiegarmi. Un mio amico ha avuto dei grossi problemi a sequenziare un pezzo di DNA perchè c'era un loop, ma che un Forward diventi un Reverse proprio non saprei come spiegarmelo!!!
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Biochica
Utente Junior
285 Messaggi |
 Inserito il - 13 agosto 2007 : 15:17:31
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Guarda un po' chi ti risponde...
una cosa del genere è capitata anche a me...non più di un mese fa...e ho pure ricontrollato mille volte...rifaccio la seq...e l'f si comporta da f e non più da reverse...misteri della scienza o qualcuno ci odia????
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Io non sono cattiva...è che mi disegnano così...
-Jessica Rabbit- |
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cin
Utente Junior
Prov.: Padova
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558 Messaggi |
Inserito il - 14 agosto 2007 : 08:26:55
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Mal comune mezzo gaudio.....
Per caso li ordini all'invitrogen? Noi li abbiamo risospesi il 30.06.07, per cui erano stati ordinati qualche giorno prima. |
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Biochica
Utente Junior
285 Messaggi |
Inserito il - 14 agosto 2007 : 09:57:58
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| Non ricordo se erano quelli della mwg o quelli della sigma ad essere sincera...fatto sta che sono impazzita per allineare le sequenze e poi improvvisamente tutto è tornato a funzionare...misteri della scienza... |
Io non sono cattiva...è che mi disegnano così...
-Jessica Rabbit- |
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cin
Utente Junior
Prov.: Padova
Città: Padova
558 Messaggi |
Inserito il - 14 agosto 2007 : 10:58:06
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| Nel senso che è tornato ad essere un R ? |
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Biochica
Utente Junior
285 Messaggi |
Inserito il - 14 agosto 2007 : 11:17:54
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| esatto |
Io non sono cattiva...è che mi disegnano così...
-Jessica Rabbit- |
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Biochica
Utente Junior
285 Messaggi |
Inserito il - 14 agosto 2007 : 11:56:13
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| Giuro che non ho mai capito cos'è successo...però ora funziona tutto di nuovo... |
Io non sono cattiva...è che mi disegnano così...
-Jessica Rabbit- |
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cin
Utente Junior
Prov.: Padova
Città: Padova
558 Messaggi |
Inserito il - 16 agosto 2007 : 09:05:30
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| Proverò anch'io, saprotti dire.... |
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cin
Utente Junior
Prov.: Padova
Città: Padova
558 Messaggi |
Inserito il - 20 agosto 2007 : 15:24:14
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Riprovato per la quarta volta e i forward sono sempre R!!!!!!
Parlo al plurale perchè i primers li sto provando su due paz. diversi. |
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cin
Utente Junior
Prov.: Padova
Città: Padova
558 Messaggi |
Inserito il - 21 agosto 2007 : 14:29:51
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Ho provato anche a vedere se per caso all'interno della boccetta del primer F2 avevano sintetizzato anche una sequenza inversa che in qualche modo riusciva ad attaccarsi e ad amplificare come un reverse, oppure se si era contaminata la madre con il reverse, per cui ho fatto l'amplificazione usando solo l'F2 , ma naturalmente non si è amplificato un fico secco.
Mi sono venute in mente le sequenze palindromiche, qualcuno ne ha esperienza? Potrebbe essere che io abbia incontrato una cosa del genere? |
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data
Nuovo Arrivato
Prov.: Torino
Città: Torino
89 Messaggi |
Inserito il - 22 agosto 2007 : 00:51:59
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...visti i doppioni che derivano dai primer esterni non e` del tutto impossibile.
Ma browser genomici/refseq/est non aiutano proprio per niente? |
http://www.medito.eu.org/vodka/odierno |
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cin
Utente Junior
Prov.: Padova
Città: Padova
558 Messaggi |
Inserito il - 09 novembre 2007 : 19:03:39
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| Alla fine abbiamo riordinato i primers nuovi e tutto e' tornato alla normalita'. Devo ringraziare davvero tanto Barbara Simionati del Cribi di Padova, che mi ha permesso di uscire da un vicolo buio nel quale mi ero infilata......quando qualcosa non va con le sequenze...non accanitevi troppo, gettate il tutto e ricominciate da capo, ma da capo capo! |
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Discussione |
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contro ogni regola del sequenziamento
Didattica
