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lamp
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13 Messaggi

Inserito il - 08 settembre 2007 : 18:16:12

Ciao ragazzi, come va? passate bene le vacanze?
Io sto ancora combattendo col mio problema sulla costruzione dei primer, devo dire che essere autodidatta sta diventando una faticaccia!!! la mia sequenza di mRNA è link (il link di ncbi),il report è NM000345. qui ho trovato tutte le informazioni esoni cds eccc...
adesso dei colleghi mi hanno di trovare all'interno della cds la sequenza di inizio AUG da cui poi procedo per costruire i miei primers (attraverso programmi come primer e primer express versione 2.0). Da qui la mia domanda : analizzando la sequenza il codone AUG non lo trovo!!!!anzi non c'è nessuna u

allora ke devo fare? perfavore aiutatemiiiiiiiiiiii!!!!

chick80
Moderatore

Città: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 08 settembre 2007 : 22:50:47

Non vedi U perchè vengono indicate come T. (non vorrei dire scemate, ma credo sia perchè li sequenziano da cDNA e poi nel database mettono il complementare del cDNA).

In buona sostanza devi cercare un ATG.

Se guardi le "features" (circa a metà pagina) leggi:
CDS 47..469

Questo vuol dire che la CDS (coding sequence, cioè regione codificante) va dalla posizione 47 alla 469.

Puoi filtrare la sequenza mettendo in alto questi valori nel campo range:
Range: from 47 to 469

Poi premi Refresh ed ecco che magicamente la tua sequenza è diventata:

ATGGATGTATTCATGAAAGGACTTTCAAAGGCCAAGGAGGGAGTTGTGGC.......

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