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Discussione

catta171180
Nuovo Arrivato

1 Messaggi

Inserito il - 10 settembre 2007 : 12:23:45

Ciao, sono nuova del forum ma avrei bisogno urgentemente di un informazione...qualcuno sa se i primers della real time PCR vanno bene anche per la RT-PCR semiquantitativa?
Grazie

chick80
Moderatore

Città: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 10 settembre 2007 : 12:58:15

Generalmente sì, ma l'unico modo per esserne certi è provarli! :)

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Neuroscience
Utente

659 Messaggi

Inserito il - 16 settembre 2007 : 18:37:39

già provare è l'unico modo per esserne relativamente certi...

Il problema principale è la differenza di temperatura a cui funziona la Taq della Real Time e la Taq normale per PCR, ci potrebbero essere dei problemi nel caso i primers non sono proprio perfetti... aggiungere la fase di annealing, modificare i tempi e le condizioni potrebbero non farti uscire una buona PCR

C'è da dire, inoltre, che se il tuo amplificato Real Time è dell'ordine di 100 bp è un po' rompiscatole vederlo su gel con la PCR classica, meglio evitare.
Alcune Raeal Time invece usano ampliconi lunghi anche 600 bp e sono meno efficienti, in quel caso i primers potrebbero essere ottimali se trovi un buon protocollo di PCR classica

ma se vuoi un consiglio... se li hai già questi primers bene, ma se li devi ordinare per usare dei primers presenti in letteratura che però sono stati usati solo per Real Time ti converrebbe farteli daccapo da solo, dato che il successo della PCR è un'incognita è meglio che ti scegli le condizioni migliori per quello che devi fare

adattare i primers della Real Time alla PCR classica potrebbe essere un compromesso che non dà buoni frutti.