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stepbiotech
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9 Messaggi |
 Inserito il - 18 settembre 2007 : 09:48:50
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Ciao ragazzi..
ho un dubbio che non riesco a risolvere.
in una sintesi di primers liofili (commerciali), a volte ottengo il valore in OD e a volte in molarità.
Es. alcuni primers sono 10 OD e alcuni primers sono 10nmol.
Come faccio a fare un confronto????
Magari poi sono alla stessa concentrazione!!!
Grazie del supporto!!!!
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imznow
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8 Messaggi |
 Inserito il - 18 settembre 2007 : 12:25:19
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Non so molto su questo argomento,se ti può essere d'aiuto OD vuol dire densità ottica, si basa sulla legge del assorbimento di Bouguer-Beer:La quantità di luce (di una data lunghezza d'onda) assorbita è direttamente proporzionale alla massa o alla concentrazione della sostanza assorbente.
Per quanto riguarda le formule ,la Densità Ottica è il logaritmo decimale del rapporto tra luce incidente e luce trasmessa; cioè il logaritmo dell'inverso della trasmissione:
OD = log10(1/T) = -log10T (1)
Quindi la scala della densità ottica va da 0 (100% di trasmissione) all'infinito (trasmissione 0, per un materiale completamente opaco). Se la trasmissione T = 10% la OD equivalente sarà quindi: OD = -log10 (10/100) = log10 (100/10) = log10 10 = 1. Similmente una OD = 2 corrisponde ad una trasmissione dell'1%, una OD = 3 allo 0,1% di trasmissione, e così via. Se T = 100% allora OD = log10 1 = 0.Non so a quanti OD corrisponda 1 mole ma applicando la legge Lambert-Beer a una soluzione si ha che :OD=(coefficente estinzione molare)per (concentrazione molare) per (lunghezza del mezzo)
Il coefficente molare è considerato costante per una data sostanza ad una data lunghezza d'onda, benché possa subire lievi variazioni con la temperatura. Inoltre, la sua costanza è garantita solo all'interno di un dato intervallo di concentrazioni(di solito basse concentrazioni).Spero di esserti stato utile,se scopri qualcosa in più fammelo sapere per favore..Ciao
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imznow
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8 Messaggi |
 Inserito il - 02 ottobre 2007 : 13:04:38
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Buone nuove, penso di aver trovato quello che ti serve: un valore di assorbanza(OD) di 1 con un cammino di 1 cm corrisponde a 50 ìg/ml di DNA a doppia elica ed a 40 ìg/ml di DNA a singola elica o di RNA,penso valga anche per i primer liofili...
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imznow
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8 Messaggi |
Inserito il - 02 ottobre 2007 : 13:08:37
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| ..."ìg" vuol dire micro-grammi....:-) |
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stepbiotech
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9 Messaggi |
Inserito il - 02 ottobre 2007 : 13:11:38
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| grazie!!! |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 03 ottobre 2007 : 00:50:10
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Bene imznow! Complimenti per le risposte.
Devo solo rettificare che per gli oligo il fattore di conversione è 30: 1 OD = 30ug
Per passare da OD a nmol bisogna fare i seguenti calcoli:
poniamo di avere 10 OD di un oligo lungo 22 basi
il peso medio di una base è 330ug/umol quindi per 22 basi:
330 x 22 = 7260 ug/umol
10 OD corrispondono a: 10 x 30ug = 300ug
quindi: (300ug) / (7260 ug/umol) = 0.0413 umol = 41.3 nmol
.... ma per farla molto più semplice esistono programmi che ti fanno il calcolo (anche più preciso!), basta inserire la tua sequenza, ad es. questo: Oligo Calculator
oppure puoi usare il sito per gli ordini di oligo online della TIB MOLBIOL: Oligo Shop
inserisci la sequenza del tuo oligo e puoi vedere la scheda tecnica con tutte le informazioni.
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imznow
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8 Messaggi |
Inserito il - 03 ottobre 2007 : 15:25:59
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A ok,ma quel valore si riferisce ad una catena a singolo filamento o a doppio?
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
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OD vs. molarità
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