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springbok
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
 Inserito il - 18 settembre 2007 : 12:21:28
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Ciao amici,
vorrei sapere una cosa: come si calcola il punto isoelettrico ad es. do questi aa Glu-Cys-Arg a PH 8 ?
Potete spiegarmelo?
grazie
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 19 settembre 2007 : 02:29:47
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Ciao,
il procedimento è lo stesso che ti avevano spiegato nell'altro messaggio.
Credo ci sia un problema nella tua domanda. Il punto isoelettrico è lo stesso a qualsiasi pH.
A pH 8 quel tripeptide potrebbe o meno essere carico, ma il suo punto isoelettrico rimarrà sempre lo stesso.
Andiamo un passo alla volta:
1) Innanzitutto la cosa che conviene fare in questi casi è scrivere i 3 aminoacidi separatamente.
Glutamato:
H
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COOH---C---NH2
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CH2
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CH2
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COOH
Cisteina:
H
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COOH---C---NH2
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CH2
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SH
Arginina:
H
|
COOH---C---NH2
|
CH2
|
CH2
|
CH2
|
NH
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C
/
NH2 NH
Ora, per scrivere il tripeptide basta che li combini insieme legandoli con legami peptidici (O=C-NH)
H O O
| || ||
COOH---C---NH---C---C---NH---C---C---NH2
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CH2 CH2 CH2
| | |
CH2 SH CH2
| |
CH2 COOH
|
NH
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C
/
NH2 NH
Perfetto, ora cariche e punto isoelettrico.
Il punto isoelettrico è il pH a cui un aminoacido non ha carica netta. Considera la glicina:
H
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NH2---C---COOH
|
H
La glicina a pH acido sarà tutta protonata (NH3+ e COOH) e avrà quindi carica +:
A pH basico avrai NH2 e COO- e quindi carica -
Ad un certo pH intermedio avrai carica NETTA 0 perchè avrai NH3+ e COO-
Questo pH è la media delle pKa di NH3 (~9.6) e COOH (~2.3), cioè ~5.95.
Per aminoacidi come la lisina che ha anche NH3 laterali o il glutammato che ha COOH laterali, il calcolo dovrà tenere conto anche di questi.
In generale se non hai gruppi laterali il PI sarà attorno a 6, se hai COOH laterali sarà più acido e se hai NH3 laterali sarà più basico.
Ora, per trovare esattamente i PI dei vari aminoacidi si deve fare una titolazione acido-base.
Puoi trovare i PI dei vari aa in tabelle tipo questa:
http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_standard_amino_acids
Per un tripeptide il PI sarà approssimativamente la media dei PI dei 3 aa, quindi per il tuo Glu-Cys-Arg:
Glu = 3.15
Cys = 5.05
Arg = 10.76
Media = 6.32
Questo non tiene però conto del fatto che sono stati eliminati 2 COOH e 2 NH2 dalla condensazione dei 3 aa.
Per fare la cosa correttamente dovresti allora calcolarti la media delle pKa di tutti gli NH2 e COOH del tripeptide, il che sarebbe comunque approssimativo perchè non avresti modo di saperne l'esatta pKa.
In sostanza per sapere il valore ESATTO del pI l'unica sarebbe titolare il peptide.
La tua molecola a pH 8 sarà carica - perchè ha un PI minore di quel pH. |
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springbok
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
Inserito il - 19 settembre 2007 : 12:34:24
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Chick80 tu scrivi:
Questo non tiene però conto del fatto che sono stati eliminati 2 COOH e 2 NH2 dalla condensazione dei 3 aa.
Per fare la cosa correttamente dovresti allora calcolarti la media delle pKa di tutti gli NH2 e COOH del tripeptide, il che sarebbe comunque approssimativo perchè non avresti modo di saperne l'esatta pKa.
In sostanza per sapere il valore ESATTO del pI l'unica sarebbe titolare il peptide.
La tua molecola a pH 8 sarà carica - perchè ha un PI minore di quel pH.
quindi se mi propongono all'esame scritto la domanda che ti ho fatto io (calcolare il punto isoelettrico di questi aa Glu-Cys-Arg a PH 8) la cosa più giusta è scrivere gli aa come hai fatto tu e, calcolare il pI facendo la media dei tre pI oppure facendo la media dei pKa di tutti gli NH2 e COOH(ho provato in tutti e due i modi e varia di poco)?
Sei stato un grande mi hai tolto tantissimi dubbi..GRANDE!! |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 19 settembre 2007 : 14:50:06
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Credo che fare la media di tutti gli NH2 e COOH sia più corretto, tanto non allunga di molto il procedimento.
Faccio una piccola precisazione: quando dico che non puoi calcolare il PI esatto a meno di non titolare il peptide è perchè diversi gruppi NH2 o COOH avranno diversa pKa a seconda dei gruppi che stanno loro attorno. In particolare la presenza di gruppi elettronattrattori o elettrondonatori può modificarne la dissociazione. Queste influenze generalmente non danno cambiamenti esageratamente grandi, comunque, quindi il calcolo ti darà un valore approssimativamente corretto.
In bocca al lupo per l'esame!
nico
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springbok
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
Inserito il - 24 settembre 2007 : 15:44:15
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| Chik80 come hai fatto a scrivere le formule così!!!!! non ci riesco io |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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springbok
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
Inserito il - 25 settembre 2007 : 12:29:42
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Allora Chick80 vediamo se ho capito ed ho fatto giusto!:
scrivere la il tripeptide Tyr-Pro-Lys a pH 12 e calcolare la carica netta.
il pI del tripeptide è: 7.22, il pI è piu basso del pH quindi l'aa avrà una carica netta negativa.
H O O
| || ||
-OOC-C---NH----C------C---NH---C---C---NH2
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CH2 CH2 CH2
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OH CH2 CH2
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CH2 CH2
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CH2
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NH3
è tutto giusto? |
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springbok
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
Inserito il - 25 settembre 2007 : 14:25:50
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| ALLORA è GIUSTO!!!!???!!!????VERO? |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 25 settembre 2007 : 22:32:51
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ups, ho modificato il tuo messaggio e mi sono scordato di risponderti... 
Sì, è giusto a parte che in mezzo non hai disegnato una prolina ma qualcosa d'altro :)
La prolina ha un anello a 5 |
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Stefano_Roma
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 29 dicembre 2007 : 02:50:58
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Scusate se prendo spunto da questo topic, ma invece di aprirne un altro - dato che ho lo stesso tipo di problemi - ho preferito porre questa domanda che è comunque inerente all'ultimo tripeptide rappresentato.
Posto un'immagine così da farvi capire il mio dubbio.
Facendo la media dei pI non c'è problema, ma usando il metodo della media degli COOH e NH2 c'è qualcosa che non mi quadra.Altra cosa, non capisco l'NH3 della Lisina, essendo il tripeptide carico negativamente, non dovrebbe essere NH2?
Con questa img spero di farvi capire dove sbaglio.
Prendo i pK degli COOH e NH2 e faccio la media per il pI, ma sicuramente non prendo in considerazione qualcosa.
Dopo avervi tanto letto, ho deciso di iscrivermi sperando nel vostro aiuto che non tarda mai
e che è sempre esaustivo. Spero lo sia anche con me 
Un Saluto
Stefano |
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Stefano_Roma
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 02 gennaio 2008 : 01:05:01
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| per favore ragazzi aiutatemi |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 07 gennaio 2008 : 22:08:38
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Molto semplice! La tabella che hai inserito riguarda le costanti per gli NH2/COOH in alfa. Per la lisina devi considerare un NH2 in alfa ed un NH2 sulla catena laterale, che ha pKa 10.54 (lo trovi nella stessa pagina di wikipedia, ma più in basso).
Quindi pI = (2.20 + 9.06 + 10.54)/3 = 7.26 |
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gaia87
Nuovo Arrivato
1 Messaggi |
Inserito il - 26 agosto 2008 : 00:51:32
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Ciao Chic80.Volevo chiederti perchè hai scritto "Quindi pI = (2.20 + 9.06 + 10.54)/3 = 7.26" quando invece per la Lys il pI = a 9.60 nelle tabelle e precedentemente hai detto che il pI di un aa non cambia. A me verrebbe che 9,60 lo ottengo facendo pI=(9,06+10,54)/2.
Quale delle due devo tenere in considerazione per poi calcolare il pI totale del tripeptide dell'esempio sopra?Grazie,ciao ciao.Gaia. |
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marco.roc
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
Inserito il - 16 giugno 2009 : 16:23:14
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Ragazzi penso ci sia un errore, il punto isoelettrico non si calcola facendo la media dei pKa arbitrariamente.
la media va sempre fatta fra due valori, l'intuito deve far decidere quali.
Questo perchè quando si prende in considerazione 3 gruppi protonabili, il livello di protonazione di uno NON è indipendente dal livello di protonazione degli altri. per esempio nell'aspartato.
alfa-COOH = 1,99
alfa- NH3= 9,90
COOH laterale= 3,90
Quando dico che non sono indipendenti, intendo che se la catena laterale è deprotonata significa che il pH è più alto di 3,9, se il pH è più alto di 3,9 allora anche l'alfa COOH è deprotonato.
Non è possibile che l'alfa COOH sia protonato, e che il COOH laterale sia deprotonato.
Intuitivamente vediamo che il pI DEVE cadere fra 1.99 e 3.9, infatti in questo range di pH
alfa-COOH è deprotonato ----> carica -
il COOH laterale è protonato ----> no carica
l'alfa NH3 è protonato ----> carica +
CArica totale = 0
perciò il punto isoelettrico si calcola (1,99+3,9)/2
Su wikipedia ho scritto l'esempio per la lisina (paragrafo Calcolo pratico del punto isoelettrico in ammino acidi con catena laterale protonabile)
http://it.wikipedia.org/wiki/Punto_isoelettrico
spero di essere stato chiaro in entrambi i casi, anche se in queste cose è difficile essere chiari. |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 16 giugno 2009 : 16:32:14
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Citazione:
Non è possibile che l'alfa COOH sia protonato, e che il COOH laterale sia deprotonato.
Certo che è possibile. La protonazione/deprotonazione è un processo del tutto stocastico, che può essere favorito o sfavorito a seconda del pH del mezzo.
Lo stato di protonazione del COOH dipende dall'ambiente attorno al gruppo (es. presenza di gruppi elettronattrattori/donatori influenza la protonazione in modo inversamente proporzionale alla distanza), quindi se i 2 COOH sono sufficientemente lontani ed hanno intorni differenti possono essere diversamente protonati, specialmente a pH vicini al punto isoelettrico.
Ad ogni modo come ho già detto il pI esatto NON si può calcolare, si può solo ricavare empiricamente. |
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marco.roc
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
Inserito il - 16 giugno 2009 : 17:01:23
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Aggiungo per confermare che il pI del tripeptide glu-cys-arg è uguale a 6,22
stando infatti alla tabella dei pKa, quelli che bisogan prendere in considerazione sono
#945;-NH3 del glutammato = 9,47
r-COOH del glutammato = 4,07
r-SH della cisteina = 8,37
guanidinio di arg= 12,48
#945;-COOH = di arginina= 1,81
mettiamoli in ordine:
0<1,81>- 0<4,07>- 0<8,37>- +<9,47>0 +<12,48>0
il pI sta fra 4,07 e 8,37 facendo la media= 6,22
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marco.roc
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
Inserito il - 16 giugno 2009 : 17:07:12
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Citazione:
Messaggio inserito da chick80
Citazione:
Non è possibile che l'alfa COOH sia protonato, e che il COOH laterale sia deprotonato.
Certo che è possibile. La protonazione/deprotonazione è un processo del tutto stocastico, che può essere favorito o sfavorito a seconda del pH del mezzo.
Lo stato di protonazione del COOH dipende dall'ambiente attorno al gruppo (es. presenza di gruppi elettronattrattori/donatori influenza la protonazione in modo inversamente proporzionale alla distanza), quindi se i 2 COOH sono sufficientemente lontani ed hanno intorni differenti possono essere diversamente protonati, specialmente a pH vicini al punto isoelettrico.
Ad ogni modo come ho già detto il pI esatto NON si può calcolare, si può solo ricavare empiricamente.
Si hai ragione a puntualizzare,ma per effettuare una stima penso che aiuti ragionare in quel modo. Inizia a diventare complicato se per stimare il punto isoelettrico di un amminoacido, immaginiamo una soluzione di quell'amminoacido, con tutte le complicazioni che ci sono nella realtà
PS: riguardo il pI della lisina come la pensi? |
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prossima biologa
Utente Attivo
1437 Messaggi |
Inserito il - 17 giugno 2009 : 17:31:13
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ma solo io qnd ho fatto l'esame di biokimica ho imparato a fare le curve di titolazione?
insomma io mi ricordo che all'inizio non ci capivo nulla ma poi.... divenne tutto molto più semplice...
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 17 giugno 2009 : 17:35:38
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Citazione:
ma solo io qnd ho fatto l'esame di biokimica ho imparato a fare le curve di titolazione?
Beh, il problema è lievemente diverso... qui si parlava di trovare il punto isoelettrico con carta e penna... come già detto titolare il peptide sarebbe la cosa più corretta da fare. |
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