ciao ragazzi mi serviva sapere la differenza tra il cgh array e il chip dna che dovrebbe essere l'array classico. una domanda inoltre per quanto concerne l'idea di base: se vengono immobilizzate su un supporto solido delle sonde complementari ai geni, e poi le sequenze ke si devono legare e cioè i cDNA derivano dall' RNA della cellula ke voglio studiare, questi ultimi conterranno solo gli esoni, e allora come fanno due sequenze una contenente sia introni ke esoni (le sonde sul supporto) e una contenente solo gli esoni (cDNA) a legarsi??? fatemi sapere...urgente
forse la risposta è ke vengono spottati (solo?) oligonucleotidi...cioè una sequenza di pochi nucleotidi complementare ad un piccolo tratto di DNA o RNA...in tal caso si legano gli esoni complementari del cDNA. per quanto riguarda la differenza tra le due tecnike...mmh... permane il dubbio, in entrambe mi guardo le fluorescenze risultanti, in entrambe utilizzo due campioni (quello da studiare e controllo)...ma allora ke differenza c'è?
Il CGH ti permette di comparare il numero di copie di un gene in due campioni (es. soggetto sano e malato) sullo stesso chip. Il DNA chip semplicemente ti dice se un gene è espresso in un certo campione, non è comparativo.
Per gli oligo credo la tua supposizione sia corretta.
i target complementari ai cDNA(probe) o vengono sintetizzati con i supporti della effimatrix e in questo caso ti basta consultare le banche dati e vedere la sequenza dei tuoi cDNA(se non sbaglio sono lunghi circa una sessantina di nt),oppure da una library di cDNA e applicati sul vetrino e vengono attaccati con metodi che non conosco....nel primo caso e' molto piu' affidabile l analisi visto che quando si prendono da una library non sempre sono completi
Ciao Nico ma la fotolitografia si usa appunto per la sintesi degli oligo direttamente sul supporto... mentre come si attaccano i cDNA o frammenti del genoma nel caso di una CGH array ho sentito dire che si usa la chimica delle superfici ma non so cosa sia in dettaglio bu' !