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ivanarubik
Nuovo Arrivato

Città: losanna


14 Messaggi
Inserito il - 03 ottobre 2007 : 14:26:20  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ivanarubik Invia a ivanarubik un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
salve a tutti,
vi scrivo perché avrei bisogno di un consiglio....nel mio lab mi hanno chiesto di analizzare delle sequenze di mRNA perché pare che la sequenza del trascritto sia costituita da moduli che si ripetono (rumori di corridoio)...facile a dirsi ma non riesco a trovare un modo per analizzare le sequenze e vedere se la struttura è veramente a moduli...qualche programma da consigliare?? o anche l'idea semplice ma geniale per uscire dalla crisi...in lab nessuno capisce molto di bioinformatica quindi ho solo voi....
Grazie a tutti...ripagherö il vostro aiuto con ottimo cioccolato svizzero :)
Ivana

chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi
Inserito il - 04 ottobre 2007 : 04:37:01  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Emboss dovrebbe avere i tools che ti servono
http://emboss.sourceforge.net/apps/

Purtroppo non ho mai provato a fare studi del genere quindi non ti so dire di più.
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ivanarubik
Nuovo Arrivato

Città: losanna


14 Messaggi
Inserito il - 04 ottobre 2007 : 10:03:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ivanarubik Invia a ivanarubik un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie,
lo provo subito e ti faccio sapere... in effetti neanch^'io ho mai fatto una cosa del genere....speriamo bene!
Buona giornata
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi
Inserito il - 04 ottobre 2007 : 11:39:21  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Non sono mica sicuro di aver capito bene il problema, ma ci provo in nome della cioccolata... :)

Calcolati il dotplot della sequenza contro se stessa.
Puoi usare diversi programmi in internet:
- http://www.vivo.colostate.edu/molkit/dnadot/
- http://www.bioinf.ebc.ee/dotplot/plot.cgi
- http://www.google.com/search?ie=UTF-8&oe=UTF-8&sourceid=navclient&gfns=1&q=sequence+dotplot

Le zone che appaiono come croci sono ripetute.
Occhio che alcuni di questi programmi non disegnano bene le diagonali, per cui ti vedi dei trattini paralleli invece che delle croci.

Per una analisi piu' accurata, esegui l'allineamento locale della seq su se stessa.
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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ivanarubik
Nuovo Arrivato

Città: losanna


14 Messaggi
Inserito il - 18 ottobre 2007 : 12:51:37  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ivanarubik Invia a ivanarubik un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie per i suggerimenti....adesso ditemi: quale cioccolato preferite???
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Balsamo del Canadà
Nuovo Arrivato

E. coli

Prov.: Verbano-Cusio-Ossola
Città: Verbania


97 Messaggi
Inserito il - 30 ottobre 2007 : 10:32:58  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Balsamo del Canadà Invia a Balsamo del Canadà un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Beh ovviamente al latte!! Comuqnue anche se arrivo un pò tardi ti chiedo se hai provato a usare DOTTER e fare un Self-plot. Lanci la tua sequenza contro se stessa e se ci sono zone ripetute appaiono come diagonali al di fuori di quella principale di match.
-B.del C.-
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