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Autore

Discussione

myosotis
Nuovo Arrivato

Prov.: Cuneo

2 Messaggi

Inserito il - 03 ottobre 2007 : 18:38:40

Ciao!so di affrontare un argomento che a qualcuno potr� sembrare banale ma sono alcuni giorni che sto impazzendo (e il mio computer con me!)
Devo disegnare dei primer per PCR real time su un tratto genomico (sarebbe ottimale identificare la regione dei primer a cavallo tra l'esone e l'introne).
Ho usato blastn per identificare eventuali analogie di tale gene con altri tratti per individuare in tal modo la regione su cui poi disegnare i primer. La ricerca mi crea problemi perch� penso di non essere capace di leggere in modo corretto i risultati (e spero di riuscire a spiegarmi)Mi vengono fornite le sequenze che presentano similarit� con il mio tratto d'interesse(identificato dal numero gi) e sotto ognuna di queste ci sono altre sequenze nucleotidiche introdotte per lo pi� dalla dicitura seguente

"Features flanking this part of subject sequence:
___ bp at 5' side:______
___ bp at 3' side: ______

Score = 50.0 bits (54), Expect = 0.019
Identities = 45/57 (78%), Gaps = 0/57 (0%)
Strand=Plus/Minus"

i miei dubbi sono:
-tali allineamenti proposti sotto lo stesso numero "gi" son da considerarsi?cossa indicano?
-il mio tratto � di circa 3500pb, le sequenze che presentano un qualche appaiamento sono 169..io ho iniziato a ricopiare le uguaglianze della sequenza l'una sotto l'altra per identificare una qualche regione per il disegno dei primer...c'� un qualche metodo pi� veloce ed efficace per identificare la regione che non appaia con altri tratti genomici?
-utilizzando i programmi tipo Primer3, come posso essere sicura che tali primer risultanti nn amplifichino altri tratti?
-cosa posso fare per eseguire una ricerca ottimale?

Come vedete i dubbi sono molti e spero di non aver fatto troppa confusione nella spiegazione del mio problema!
Vi ringrazio per l'attenzione e per eventuali delucidazioni.

GFPina
Moderatore

Citt�: Milano

8408 Messaggi

Inserito il - 03 ottobre 2007 : 20:55:51

Scusa myosotis non so se ho capito bene?
Tu hai fatto il blast di tutta le sequenza del tue gene?
Diventa un po' complicato cos�... dovresti disegnate i primers e poi fare il blast dei primers.
Qua trovi la spiegazione dettagliata su come disegnare i primers: http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=1655

Citazione:
Messaggio inserito da myosotis
-tali allineamenti proposti sotto lo stesso numero "gi" son da considerarsi?cossa indicano?

� la stessa sequenza probabilmente la sequenza che hai cercato si allinea in diversi tratti della sequenza giXXXXXXX, per questo � ripetuta pi� volte.

orcaimpetuosa
Utente Junior

234 Messaggi

Inserito il - 09 ottobre 2007 : 01:14:14

nn sono un esperto, ma prova a usare programmi speifici cm lasergene (http://www.dnastar.com/), � fatto apposta, se non lo conosci qu� ci sono un po di info:
http://www.bio.unipd.it/molbinfo/Corso_Netscape/corso.html
nella sez. lezioni
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