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 come confrontare diversi campioni in real time?
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flamy.m
Nuovo Arrivato

Prov.: Roma
Città: roma


2 Messaggi

Inserito il - 19 ottobre 2007 : 13:14:34  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di flamy.m Invia a flamy.m un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti,
vorrei un consiglio su come impostare degli esperimenti di real time: Ho circa 30 pazienti. per ogni pazienti devo analizzare sia su PBMC che SFMC l'espressione di 4 geni (più GAPDH per normalizzare. Ovviamente non mi entreranno tutti su una piastra sola (anche facendo una duplex con HK gene assieme al gene d'interesse). Vorrei saper come posso poi paragonare pazienti diversi da diverse piastre? Se per ogni piastra uso uno stesso controllo sano i dati sono poi paragonabili? Di solito per l'elaborazione dei dati uso il metodo del delta Ct. Qualcuno mi può aiutare?
Grazie flamy

Neuroscience
Utente



659 Messaggi

Inserito il - 19 ottobre 2007 : 17:36:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Neuroscience Invia a Neuroscience un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Cara Flamy,

capisco la tua ansia ed anche la fretta nello scrivere, tuttavia il grado di chiarezza di quello che hai scritto non è tale da darti una mano del livello che ti è necessario... e non mi riferisco solo alle carenze della grammatica italiana e di qualche parentesi.
Potresti impiegare qualche minuto in più per descrivere in maniera più chiara e semplice il tuo problema e cosa ti serve sapere?

1) dal tuo testo deduco che hai una serie di pazienti il cui numero è tanto alto da non permetterti di ottenere tutti i risultati da una sola piastra di Real Time. Si possono paragonare risultati appartenenti a piastre diverse?
La risposta è semplice, si può solo se i dati sono stati normalizzati con un gene di controllo interno presente nella stessa piastra, nel tuo caso la GAPDH, quindi Sì.

2) dal tuo messaggio non capisco se stai valutando un polimorfismo, un'espressione oppure una mutazione genica...
Il controllo sano per ogni piastra potrebbe servirti solo se fai ad esempio uno studio su un polimorfismo, nel tal caso ti serve il malato ed il sano per tarare lo strumento ogni volta per ogni piastra.
Se valuti l'espressione è indipendente dove metti i controlli, se tutti su una sola piastra o su due piastre separate, basta che i dati siano nomalizzati per un gene housekeeping che si trova sulla stessa piastra.

3) se fai questa domanda sul delta Ct mi sa che di Real-Time sei proprio alle prime armi e non puoi risolvere con un messaggio letto su un forum. Vai ad un corso serio ed organizzato oppure in trasferta in un laboratorio serio che fa queste cose.

in bocca al lupo


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