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magicaely75
Nuovo Arrivato
Prov.: Brescia
Città: Brescia
2 Messaggi |
 Inserito il - 26 ottobre 2007 : 17:25:17
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ciao a tutti. Ho un grosso problema di contaminazione dell'RNA con DNA genomico estratto da campioni in paraffina per una quantificazione del trascritto virale con sonde disegnate all'interno di un esone.Mettendo il controllo negativo di RT (RNA non retrotrascritto)ho del segnale che differisce solo di 3-6 Ct dal segnale del cDNA.Ho già fatto 2 cicli di DNAse RNAse free,che altro posso fare per togliere la contaminazione?Il servizio tecnico della ditta, di cui non faccio il nome, è veramente carente....
avete qualche consiglio?
grazie
Ely
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Gabriele
Utente
Prov.: Pisa
Città: Pisa
615 Messaggi |
Inserito il - 26 ottobre 2007 : 23:03:13
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| Tratta tutto ciò che usi (e che può essere trattato) con NaOH 0,1 N (pistole,vetreria etc) |
"Chi rinuncia alla libertà per la sicurezza, non merita né la libertà né la sicurezza. E finirà col perdere entrambe." |
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Neuroscience
Utente
659 Messaggi |
Inserito il - 28 ottobre 2007 : 18:21:13
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Citazione:
Messaggio inserito da Gabriele
Tratta tutto ciò che usi (e che può essere trattato) con NaOH 0,1 N (pistole,vetreria etc)
Esatto, prova anche a fare una PCR senza RNA e senza cDNA, se ti esce la banda allora hai le soluzioni o la pipetta contaminata da genomico.
Nel caso non sia quello il problema (soluzioni o pipette), un buon controllo potrebbe essere caricare l'RNA su gel e guardare nel pozzetto se si vede il DNA genomico.
Se si vede un po' di luninosità nell'immediata prossimità del pozzetto significa che c'è tantissimo DNA genomico e non ce la fai a digerirlo tutto...
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contaminazione RNA con DNA genomico
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