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Tag   aminoacidi    tavola periodica  Aggiungi Tag

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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


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Inserito il - 04 novembre 2007 : 17:01:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da Cangrande

Salvata e stampata. Sarà utilissima!


Io l'ho stampata e attaccata ad una delle pareti del laboratorio

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...
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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1701 Messaggi

Inserito il - 06 novembre 2007 : 16:54:03  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Stavo traducendo la tavola in inglese per spedirla a quelli di gElemental...
Non volevo fare errori grossolani nella traduzione...
Mi aiutate con i seguenti nomi?

Contiene Gruppo:
Idrofobicità:
Sigla a x lettere:
Massa monoisotopica del residuo amminoacidico:
Il gruppo NH dell'aa è legato alla catena laterale dello stesso:


Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


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Inserito il - 06 novembre 2007 : 21:55:31  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Contains
Hydrophobicity
x-letters code
Monoisotopic mass of the aminoacidic residue:
The amino-group of the aa is bound to its lateral chain (ma questa frase secondo me è un po' difficile da capire, anche in italiano)

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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1701 Messaggi

Inserito il - 08 novembre 2007 : 21:12:41  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da chick80


The amino-group of the aa is bound to its lateral chain (ma questa frase secondo me è un po' difficile da capire, anche in italiano)


Come potrei sostituirla?
Ho aggiunto la tavola in inglese, date un occhio per favore?!

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Ayla
Utente Junior

guardiano

Città: Wageningen


573 Messaggi

Inserito il - 08 novembre 2007 : 23:11:09  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Ayla Invia a Ayla un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
allora, la tavola in inglese è perfetta, solo che a mio avviso suonerebbe meglio "contains OH group" che "contains group OH", e così anche per gli altri. Purtroppo vedo già che nel caso del gruppo ammidico sarà difficile graficamente a farcelo stare.... vedi un po' tu...
Un'alternativa potrebbe essere di usare l'articolo (the) di fronte a "group" --> "contains the group OH"... ma non suona comunque benissimo!
per il resto, ribadisco: ottimo lavoro
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valia
Moderatore


Prov.: UK


1001 Messaggi

Inserito il - 08 novembre 2007 : 23:16:48  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di valia  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di valia Invia a valia un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
- 1 letter code invece di 1 letters!
- da tradurre anche "idrofobici e idrofilici" e "senza carica netta"

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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1701 Messaggi

Inserito il - 08 novembre 2007 : 23:54:28  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da valia
- da tradurre anche "idrofobici e idrofilici" e "senza carica netta"




Ops...l'ho dimenticato!
Mmm...come si traduce "senza carica netta"?

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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8380 Messaggi

Inserito il - 09 novembre 2007 : 00:40:32  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ma cosa ti ha fatto la povera Fenilalanina???

Anche in inglese l'hai scritta sbagliata!!!
E' "Phenylalanine" non "Phenylalanina"

Citazione:
Messaggio inserito da domi84
Mmm...come si traduce "senza carica netta"?


without net charge
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 09 novembre 2007 : 00:49:09  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
o anche più breve: "no net charge"

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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


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Inserito il - 09 novembre 2007 : 12:46:30  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
allora, la tavola in inglese è perfetta, solo che a mio avviso suonerebbe meglio "contains OH group" che "contains group OH", e così anche per gli altri. Purtroppo vedo già che nel caso del gruppo ammidico sarà difficile graficamente a farcelo stare.... vedi un po' tu...

Fatto!
Citazione:
- 1 letter code invece di 1 letters!
- da tradurre anche "idrofobici e idrofilici" e "senza carica netta"


Fatto!
Citazione:
Ma cosa ti ha fatto la povera Fenilalanina???
Anche in inglese l'hai scritta sbagliata!!!
E' "Phenylalanine" non "Phenylalanina"



Fatto!
Citazione:
o anche più breve: "no net charge"

Fatto!

Altro?!

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orcaimpetuosa
Utente Junior



234 Messaggi

Inserito il - 09 novembre 2007 : 19:29:05  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di orcaimpetuosa  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di orcaimpetuosa Invia a orcaimpetuosa un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
sapete... qualcuno deve averci già pensato, ho visto una tavola periodica degli amminoacidi appesa nello studio di una prof con stto la marca di prodotti chimici.
che sfiga
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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1701 Messaggi

Inserito il - 09 novembre 2007 : 22:26:56  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Mi autocito:
Citazione:
Prendendo spunto da altri siti, ho creato una sorta di tavola periodica degli amminoacidi...

Un mio prof me ne aveva fatta vedere una...ma non mi piaceva e non dava molte info...così me ne sono fatta una tutta mia con tutti i dati che potevano servire...!
Però non sapevo che le facessero anche le aziende...

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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 10 novembre 2007 : 00:09:24  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Vabbè, una in più non fa certo male!!!

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orcaimpetuosa
Utente Junior



234 Messaggi

Inserito il - 10 novembre 2007 : 02:13:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di orcaimpetuosa  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di orcaimpetuosa Invia a orcaimpetuosa un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ah certo, senza dubbio è un bel lavoro
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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1701 Messaggi

Inserito il - 19 novembre 2007 : 10:44:37  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Vi ricordate che avevo scritto a quelli di gElemental per chiedere se volevano avviare un progetto con la tavola degli amminoacidi?!
Citazione:
Domenico wrote:
Hello! I am writing you with a suggestion of creating a project about
aminoacids, which would include a table like the attached one, and
perhaps more informations about tripletts coding for each one, the
chemical structure, a bit of history (like for the chemical elements)...
What do you think about it?


Mi hanno risposto:
Citazione:
It looks like a great idea! The gElemental infrastructure would fit an
amino acid table well. This could start as a separate project, linking
to libelemental for data structure and duplicating the gElemental
display code. After it matures, it could join gElemental -- perhaps
becoming an overall "Basic chemistry information" application -- or
stand on its own.

If you are comfortable coding in C++ with GTK+/gtkmm, I can provide
whatever assistance you need to get started. If you would like me to
write the skeletal program myself, that would be fine too. (The next
version of assoGiate is at the top of my list, but that should be done
soon.)

Either way, the first step would be to put together an initial list of
the properties you want to include, along with short descriptions and
units in which they are expressed (or a list of values for properties
like series or phase). You should also consider what categories would be
appropriate. Let me know how you want to proceed!

(I apologise for the lateness of my reply. My schedule has been heavy
recently, and I may be slow to reply for several weeks.)



Non so voi...ma io di programmare in C++ non ne so niente (alle superiori sapevo far fare la radice quadrata di un numero...ma ora manco quello...)
Però ho pensato che se Atreliu ci presta una pagina del wiki,noi di molecularlab potremmo fornirgli quel:
Citazione:
an initial list of
the properties you want to include, along with short descriptions and
units in which they are expressed (or a list of values for properties
like series or phase).

E poi magari chiedere a loro (o a chi se la sente) di finire il programma...
Che ne pensate? Atreliu che ne pensi?

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atreliu
Amministratore

2970fired

Prov.: Milano
Città: Milano


2484 Messaggi

Inserito il - 23 novembre 2007 : 09:26:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di atreliu  Invia a atreliu un messaggio AOL  Invia a atreliu un messaggio ICQ  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di atreliu  Invia a atreliu un messaggio Yahoo! Invia a atreliu un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Bhè, penso che il wiki sia lo strumento migliore per creare una pagina che vuole essere modificata da più persone.
E poi penso che MolecularLab potrebbe presentarsi molto bene fornendo un aiuto di gruppo a quel progetto.

Quindi procedi pure domi84, e Biochimici di tutta la community armatevi (armiamoci) per inserire le caratteristiche che vi sono più utili.

MolecularLab.it - Animazioni, News, didattica & Community su bioinformatica, biologia molecolare ed ingegneria genetica.

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Biotecnologo1987
Nuovo Arrivato

Future

Prov.: Teramo
Città: teramo


100 Messaggi

Inserito il - 25 novembre 2007 : 11:48:49  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Biotecnologo1987 Invia a Biotecnologo1987 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao...davvero originale e complimenti...avrei una piccolezza da aggiungere: il titolo dovrebbe essere TABELLA DEGLI ALFA-AA da cui escludere la prolina xkè ha un gruppo amminico secondario...gli altri ovviamente sono tutti alfa-AA visto che hanno un gruppo amminico primario legato cioè ad un carbonio alfa CIOè adiacente al gruppo carbossilico...questa distinzione potrebbe essere utile sia nella glicolisi che nel ciclo di krebs o più in generale quando si parla di metabolismo cellulare...in alcune vie metaboliche ci sono gli alfa Keto acidi ecc...solo x aggiungere una piccola nozione in più...i chetoacidi sono importanti sia XKè POSSONO DEAMMINO OSSIDATI x produrre intermedi glicolitici e sia x le vie cataboliche in quanto possono costituire gli alfa-AA stessi...ciao...di nuovo bravissimi....

Davide*
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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1297 Messaggi

Inserito il - 25 novembre 2007 : 15:12:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Da un punto di vista di modeling proteico la prolina la terrei eccome nella tabella!

La tua tavola potrebbe essere ulteriormente estensibile integrando ad esempio anche amminoacidi non convenzionali che sono comunque presenti in alcuni casi; giusto per citarne qualcuno:

- acido ammino-butirrico nelle sue varie forme (neurotrasmettitore, antibiotico, ecc.)
- beta-alanina (Coenzima A)
- acido di-amino-pimelico (parete cellulare)
- acido gamma-carbossi-glutammico (proteina C)

Sarebbe utile inserire anche qualche nozione strutturale del tipo quali residui sono + propensi a formare strand, eliche o loop (es. prolina nei turn, o la glicina che ricopre un ruolo destrutturante).

Infine, per chi fa mutagenesi sarebbe anche interessante sapere l'ingombro sterico di ogni residuo.

In ogni caso il tuo lavoro è stato semplicemente G R A N D I O S O


http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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pitt_323
Utente Junior

Pietro

Prov.: Modena
Città: Modena


226 Messaggi

Inserito il - 08 dicembre 2007 : 13:14:45  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di pitt_323 Invia a pitt_323 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Quoto tutto. Ottimo lavoro. Dove si può scaricare la versione definitiva?

Vandini Pietro
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8380 Messaggi

Inserito il - 08 dicembre 2007 : 13:59:18  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da pitt_323

Dove si può scaricare la versione definitiva?


Dal post nella prima pagina!!!
Ci sono gli allegati!

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Lucia
Nuovo Arrivato


Prov.: Caserta
Città: Caserta


19 Messaggi

Inserito il - 14 gennaio 2008 : 10:30:40  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Lucia Invia a Lucia un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ehi, ciao a tutti. Solo adesso ho preso visione della 'tabella periodica degli aa'. Complimenti per la bella e utile idea.
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orcaimpetuosa
Utente Junior



234 Messaggi

Inserito il - 15 aprile 2008 : 00:31:55  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di orcaimpetuosa  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di orcaimpetuosa Invia a orcaimpetuosa un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
oh, ma lo sapete che nel mio semipiano l'hanno messa proprio sulla porta del cesso? però per dentro, la vedi solo se ti siedi, così puoi avere qualche ispirazione
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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1701 Messaggi

Inserito il - 15 aprile 2008 : 11:58:48  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ma nooOOoo!!!

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SerenaS
Utente Junior

ITALIA



211 Messaggi

Inserito il - 24 aprile 2008 : 16:20:33  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di SerenaS Invia a SerenaS un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
se devo dire la mia...a me li hanno fatti imparare tutti a memoria e con le varie sigle,sinceramente non è che mi sia tanto utile una Tavola del genere.
Comunque ti vorrei fare i miei complimenti lo stesso.

SII IL LUSSO DI TE STESSO
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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1701 Messaggi

Inserito il - 24 aprile 2008 : 20:31:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
In effetti pensavo di farne una versione più grande aggiungendo anche le formule di strutture...

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