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°GiuLia°
Nuovo Arrivato
Prov.: Roma
Città: Roma
44 Messaggi |
 Inserito il - 06 novembre 2007 : 12:27:06
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Ciao a tutti!
Per caso qualcuno saprebbe spiegarmi cos'è un contig di cloni? E come i conting di cloni viengono usati nella mappatura fisica?
Poi non ho capito molto bene nemmeno la mappatura mediante STS...
Grazie mille!
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Balsamo del Canadà
Nuovo Arrivato
Prov.: Verbano-Cusio-Ossola
Città: Verbania
97 Messaggi |
 Inserito il - 06 novembre 2007 : 14:55:46
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Ciao! Il contig di cloni è fondamentalmente una ricostruzione del genoma usando i frammenti che hai clonato in un vettore. Con i vettori di grande capacità (vedi BAC, YAC..) si hanno inserti anche fino a 300kb. Costruire un contig di cloni significa riposizionarli in modo da avere un percorso sovrapposto che non lasci buchi. Questo si fa prima del sequenziamento in modo da avere una traccia da seguire (se non sbaglio è anche chiamato tilling path, ovvero minimo percorso sovrapposto). La mappatura fisica serve nella costruzione di questi contig perchè possiamo aiutarci con i marcatori fisici (magari delle sonde o dei siti di restrizione) a posizionare gli inserti ed orientarli. Una volta fatto il contig di cloni si procede a sequenziare ogni singolo inserto eventualmente subclonandolo in porzioni più piccole. tutte le sequenze ottenute sono riassemblate in ogni clone a dimensione più grossa, e una volta ottenute le sequenze di tutti i cloni del contig, si ricostruisce il genoma. Poi ovviamente ci sono una infinità di problemi dovuti ai buchi, alle sequenze ripetute che possono dare delle sovrapposizioni sbagliate..
La mappatura ad STS è la Sequence Tagged Site,delle sequenze (200-500 bp) usate come tag. Sono uniche nel genoma e se ne conosce la sequenza e la posizione. Puoi usarle per riconoscere la posizione di un clone semplicemente evidenziandone la presenza con una sonda o con la PCR. Alla fine tutti questi nomi portano ad un sacco di confusione ma il concetto è sempre lo stesso. Cambiano i sistemi di rilevamento e basta. Anche il SNP (single nucleotide polimorphism) è una STS ma di una sola base!
Spero di essere stato d'aiuto! |
-B.del C.- |
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°GiuLia°
Nuovo Arrivato
Prov.: Roma
Città: Roma
44 Messaggi |
Inserito il - 07 novembre 2007 : 20:11:55
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Grazie mille, mi è tutto molto più chiaro  .
A questo punto colgo l'occasione per chiederti anche un'altra cosa....
Sulle slide della lezione sulle mappe fisiche è nominate anche una "mappa fisica a bassa definizione: bandeggio del cromosoma metafasico"...
Sai per caso di cosa parli?
Grazie in anticipo, |
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Balsamo del Canadà
Nuovo Arrivato
Prov.: Verbano-Cusio-Ossola
Città: Verbania
97 Messaggi |
Inserito il - 08 novembre 2007 : 00:16:22
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| Beh si, è la prima cosa che hanno fatto. E' la colorazione (ma non ricordo le sostanze) dei cromosomi in metafase che genera un vero e proprio banddeggio chiaro|scuro. E' la mappatura fisica perchè tu puoi correlare un gene ad una banda e quindi, conoscendo lo schema a bande di tutto il genoma, saperne anche la posizione. Ma le bande sono di grosse dimensioni quindi abbiamo una bassa definizione! |
-B.del C.- |
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contig di cloni e mappatura mediante STS
