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Lorenzo
Nuovo Arrivato



10 Messaggi

Inserito il - 22 giugno 2005 : 08:20:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Lorenzo Invia a Lorenzo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti,scusate se ancora rompo le scatole con le sequenze,ma volevo chiedervi se qualcuno conosce qualche buon programma per allineare sequenze che sia disponibile(magari anche in versione demo)in rete.Mi spiego meglio:per motivi di studio non posso andare in laboratorio nei prossimi giorni e mi piacerebbe fare qualche analisi da casa,però non posso usare il programma del dipartimento perche gira solo sul Mac e io ho un pc!
Se qualcuno conosce qualche risorsa e mi vuole aiutare ne sarò molto grato!
Ciao a tutti

chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 22 giugno 2005 : 09:16:29  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Non so se ti serve qualcosa di particolare o basta l'allineamento, io di solito uso ClustalW http://www.ebi.ac.uk/clustalw/ oppure trovi vari link su ExPASy http://www.expasy.org/tools/

Questi tool sono gratuiti però vanno solo online.

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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 22 giugno 2005 : 14:28:29  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Potresti usare Exonerate, che è un tool molto leggero e preciso disponibile a http://www.ebi.ac.uk/~guy/exonerate/
Che tipo di allineamento devi fare?
Se vuoi un pacchetto pieno di programmi per giocare su sequenze, potresti installarti EMBOSS: http://emboss.sourceforge.net/
Naturalmente tutti questi sotware girano su Linux :)
Se ci spieghi meglio quello che vuoi fare, forse ti possiamo aiutare meglio..



p.s. puoi installare ClustalW (ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/clustalw/)e anche la maggior parte degli altri tool, tenendo presente che in genere funzionano solo su Unix.
Ti conviene cercare una buona guida per l'installazione, tipo questa: http://www.cbi.pku.edu.cn/Doc/tools/practices/evolution/index.html#ClustalW
. Al massimo puoi usare Bioknoppix, una distro che pate da CD senza dover installare niente, e che contiene già molti di questi programmi: http://bioknoppix.hpcf.upr.edu/
ihasta luego!

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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AleXo
Moderatore

OrniAle

Prov.: Estero
Città: San Francisco, California


1550 Messaggi

Inserito il - 23 giugno 2005 : 02:11:49  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di AleXo  Invia a AleXo un messaggio AOL Invia a AleXo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
io di solito con clustalW vado benissimo, dovrebbe esserci anche clustalX che gira in local... poi dipende da ke ti serve,
su questi sito per la filogenesi trovi alcuni pakketti di allineamento ed editing di sequenze, per lo + gratis e anke per win: http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html

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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 23 giugno 2005 : 17:58:41  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ps. per inciso clustalW serve per allineamenti multipli (hai tante seq e vuoi trovare come sono in relazione fra di loro) mentre exonerate, Blat, Blast e gli altri per quelli fra coppie di sequenze (anche per trovare la posiz. di una seq. nel genoma, che può essere visto come una unica seq. enorme)

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
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Lorenzo
Nuovo Arrivato



10 Messaggi

Inserito il - 24 giugno 2005 : 09:51:54  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Lorenzo Invia a Lorenzo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao ragazzi,io in pratica devo allineare sequenze(sempre piu di due,anche 4 o 5) e confrontarle con i wild type per cercare mutazioni eterozigoti.Ho curiosato un po nei siti e programmi che mi avete consigliato e l'unico che fa storie è il mio pc che spesso non ne vuole sapere di usare quei programmi.....non c'è niente per un normale PC?
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biologomolecolare84
Nuovo Arrivato

DNA

Prov.: Rm
Città: Roma


69 Messaggi

Inserito il - 24 giugno 2011 : 17:45:56  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biologomolecolare84 Invia a biologomolecolare84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti...anche io vorrei poter allineare più di due sequenze amminoacidiche...ho provato a vedere ClustalW e pur dicendomi che è possibile farlo, non riesco a capire come fare ad inserire le diverse sequenze...c'è solo un riquadro!Come si fa?

Grazie per l'aiuto
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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1724 Messaggi

Inserito il - 27 giugno 2011 : 09:42:38  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Devi incollare le sequenze che vuoi allineare in quel riquadro, separate da un rigo vuoto

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...
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biologomolecolare84
Nuovo Arrivato

DNA

Prov.: Rm
Città: Roma


69 Messaggi

Inserito il - 27 giugno 2011 : 10:16:18  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biologomolecolare84 Invia a biologomolecolare84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sarò imbranato io...ma l'ho appena fatto e mi dice che sono necessarie 2 sequenze...le ho inserite in formato FASTA lasciando un rigo vuoto...ma niente!!!
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biologomolecolare84
Nuovo Arrivato

DNA

Prov.: Rm
Città: Roma


69 Messaggi

Inserito il - 28 giugno 2011 : 10:54:53  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biologomolecolare84 Invia a biologomolecolare84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ok...risolto il problema clustalW.
Qualcuno di voi conosce boxshade? Gira solo su linux vero? non c'è qualcosa di simile per windows? in pratica devo fare una cosa del genere (con la mia proteina):

Immagine:

101,6 KB

Grazie per l'aiuto!
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