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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
 Inserito il - 15 dicembre 2007 : 18:54:15
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Cosa mi consigliate per discriminare un amplificato
di 600 bp da uno di 540 bp? può andare un agarosio 1,5%?
E quale tipo di marker mi consigliereste? thanx
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Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)
Less Jim Morrison, more Sean Morrison!
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darkene
Utente Junior
291 Messaggi |
Inserito il - 15 dicembre 2007 : 20:19:52
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un gel di agarosio all'1,5% non ti risolverà mai i tuoi frammenti.
io farei almeno 3%!
per il marker puoi usare il Roche V ( ha la banda da 540 ma arriva fino a 587) o l'invitrogen 50 bp.
considera che io per discriminare frammenti che differiscono di circa 50 bp ma di lunghezza tra i 200 e i 400 faccio un gel al 4%
ps: fai correre a 50V altrimenti lo fondi! |
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Gabriele
Utente
Prov.: Pisa
Città: Pisa
615 Messaggi |
Inserito il - 15 dicembre 2007 : 22:02:55
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50V?Vuoi che ci faccia notte.....
Cmq direi anche io 3-4% |
"Chi rinuncia alla libertà per la sicurezza, non merita né la libertà né la sicurezza. E finirà col perdere entrambe." |
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 15 dicembre 2007 : 22:26:00
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Uhmmm ok starò sul 3%, ma se lo tengo sui 50V si fa davvero, ma davvero notte...
proverò, grazie. |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 15 dicembre 2007 : 22:54:27
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Concordo col 3%... mi sembrava di aver postato anche una tabella con la migrazione delle bande in base alla % del gel, ma non la trovo più!
Per la migrazione puoi andare anche un pochino più veloce, io se volevo delle bande "perfette" stavo sui 60V ma poi anche andare sugli 80V!
Comunque come standard io ti consiglio Fermentas, io l'ho scoperta de poco però a standard di tutti i tipi possibili e immaginabili (a costi contenuti) DNA Ladders & Markers e se non ti basta te lo fanno su misura NoLimits™ DNA Fragments io non l'ho ancora provato... ma mi piace un sacco!!!  |
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 15 dicembre 2007 : 23:14:11
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Ringrazio tutti , ma ho una novità:
i frammenti da risolvere non sono quelli che ho detto io
(sigh) ma sono ancora più piccoli!!! 300 bp contro 240 bp!
.... 4%? 5%? chi offre di più? |
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Gabriele
Utente
Prov.: Pisa
Città: Pisa
615 Messaggi |
Inserito il - 15 dicembre 2007 : 23:37:01
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I miei gel al 2,5% corrono anche a 115V senza problemi.
Io per frammenti di 150-200 pb uso il gel al 4,5%. |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 15 dicembre 2007 : 23:44:28
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Bei io dovevo vedere bande da attorno i 60-70 e le vedevo anche col 3,5%, comunque col 5% stai più sicuro!
Per farti vedere questo è lo standard di un mio gel al 5% migrato a 90V per 25min
Come vedi si discrimina bene tra 300 e 200 (la banda da 250 manca in questo standard ma ci starebbe tranquillamente in mezzo!)
Ah dimenticavo, io il gel l'ho fatto in TAE anziché TBE, ma comunque dovresti discriminare comunque! |
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 16 dicembre 2007 : 01:02:29
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Pure io lo faccio in TAE
Grazie GFPina e grazie a tutti gli altri!!  |
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