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Autore Discussione  

vinta
Nuovo Arrivato

Prov.: Piacenza
Città: Piacenza


81 Messaggi

Inserito il - 27 luglio 2005 : 20:41:05  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di vinta  Rispondi Quotando
Salve a tutti, a Ottobre inizierò la grande avventura nel mondo delle Biotecnologie (a Pavia). In vista dell'Università ho quindi deciso di prendermi un bel computer portatile, che volevo riempire di programmi utili per il biologo/biotecnologo. Volevo un parere su quali siano i migliori programmi da avere per lavorare un pò nel campo della bioinformatica, biochimica e biologia molecolare. Spulciando per la rete ho incominciato a prendere qualche programma che potrebbe essermi untile come la libreria biopython, GenMAPP per i pathways genetici e metabolici, ma mi sono accorto come esista una selva di programmi che coprono i campi più disparati. Voi che ne sapete più di me mi date una mano a fare una scelta? grazie.

Young Scientist, yet another science blog

http://yscientist.blogspot.com

AleXo
Moderatore

OrniAle

Prov.: Estero
Città: San Francisco, California


1550 Messaggi

Inserito il - 28 luglio 2005 : 00:50:07  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di AleXo  Invia a AleXo un messaggio AOL Invia a AleXo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
wow! Che "precoce", complimenti!!
Se si esclude qualke incursione fra pubmed e swissprot, io fino a quasi la fine del primo anno col computer c'avrò solo giokato!

Cmq come piattaforma consiglio mac!!Ho "switchato" proprio al primo anno ed ora non lo cambierei neanke per due fustini di Dash!! Al dibit è praticamente il sistema + diffuso.

per quanto riguarda i programmi non so ke dirti,
qui su molecular lab trovi una sezione con tutorial per i + vari tool bioinformatici, in particolar modo per quelli genomici...
anche se, secondo me, in realtà sarà col tempo, con l'esperienza, con la formazione che riceverai ma soprattutto con le necessità ke bene o male dovrai affrontare (ci si passa tutti!) che selezionerai i programmi per te migliori! Non avere fretta e goditi le ultime "vere" vacanze, fidati!


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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 28 luglio 2005 : 17:43:58  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
CIao!
Per i programmi innanzitutto installati una qualsiasi distribuzione Linux.
Secondo me è precoce se ti metti a guardare qualche sofware già adesso (meglio andare con calma!) ma io guarderei un po' di programmazione in Python e in bash (almeno gawk, grep..)
Se puoi, seguiti le lezioni di qualche corso del C.d.L. in informatica a settembre.
Un' altra cosa utile sarebbe saper scrivere un po' di HTML...


p.s. non hai bisogno di hardware particolari ma un centrino (se non ti fai una mac) e un po' di memoria RAM non fanno che bene!

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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skabor
Nuovo Arrivato

fransis



13 Messaggi

Inserito il - 24 agosto 2005 : 15:24:02  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di skabor Invia a skabor un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao vinta!
Mi trovo d'accordo con quanto detto sopra....
Certamente avere l'opportunità di possedere un portatile già dal primo anno è una gran cosa, ti aiuta un sacco per l'elaborazione delle relazioni di laboratorio, per la ricerca di informazioni supplementari su internet, e per molto altro, ma per quanto riguarda l'utilizzo di software così specifici io aspetterei di avere qualche preparazione in più di base...
Non metto assolutamente in dubbio la tua preparazione e la tua buona volonta (lodevole!!), voglio soltanto dirti che non esiste un set di procgrammi da utilizzare, quelli ti saranno di volta in volta suggeriti durante il tuo percorso di studi, anche perchè quello che studierai all'inizio saranno in gran parte concetti di base, che ti serviranno per le applicazioni pratiche successivamente.
In ogni caso non far mancare nel tuo elenco software Originlab, utilissimo nell'analisi ed elaborazione dei dati!

Per quanto riguarda il sistema operativo direi che, soprattutto per l'inizio, winxp va più che bene...se lo si sa usare bene e gli si fa una manutenzione regolare (antivirus, antispam, deframmentazione, pulizia disco), da le sue buone soddisfazioni!!
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vinta
Nuovo Arrivato

Prov.: Piacenza
Città: Piacenza


81 Messaggi

Inserito il - 24 agosto 2005 : 16:02:17  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di vinta  Rispondi Quotando
Il fatto è che non vedo l'ora di iniziare e nell'attesa cerco un pò su internet delle cose che potrebbero essermi utili in futuro, grazie per la segnalazione di originlab

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http://yscientist.blogspot.com
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skabor
Nuovo Arrivato

fransis



13 Messaggi

Inserito il - 25 agosto 2005 : 15:08:57  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di skabor Invia a skabor un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Prego figurati!!
In bocca al lupo per i tuoi studi!!
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 25 agosto 2005 : 16:32:12  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grrr non vorrei iniziare flame-wars
Se devi iniziare pero' ti conviene farlo con Linux. Se lo configuri bene (non e' troppo difficile) ti puo' fare risparmiare un sacco di tempo.
Certo che molte cose si possono fare anche con windows, pero' secondo me e' piu' divertente scrivere:

$ whichdb tra2*

per sapere in quale database si trova il gene tra2,
e poi scrivere

$ showfeat swissprot:tra2

per sapere come e' fatto, piuttosto che stare a perdere giorni navigando sui browser e scaricando tutto a mano.
TRA2_DROME
Transformer-2 sex-determining protein.
|==========================================================| 264
|-----------------|                                          varsplic
|------|                                                     varsplic
 |---------------|                                           mutagen
   |---------------|                                         site
          |------|                                           mutagen
                     |----------------|                      domain
                        |-|                                  mutagen
                             |-----------------------------| varsplic
                              |                              mutagen
                              |                              mutagen
                                 |                           mutagen
                                      |--------------------| mutagen
                                      |                      mutagen
                                      |                      mutagen
                                      |                      mutagen
                                       |---|                 site
                                        |                    mutagen
                                           |---------------| site
                                             |-------------| mutagen
                                                    |------| mutagen



p.s. questi programmi stanno nel pacchetto EMBOSS. Potresti provare a scaricarlo (http://emboss.sourceforge.net/) oppure se non hai voglia di smanettare con Linux, provare un'interfaccia grafica su web: http://cbrmain.cbr.nrc.ca/EMBOSS/ che pero' e' molto piu' scomoda.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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skabor
Nuovo Arrivato

fransis



13 Messaggi

Inserito il - 03 settembre 2005 : 12:34:28  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di skabor Invia a skabor un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Mah, questione di opinioni....
io ho installato nel mio computer sia una versione di linux sia una di windows e il primo non mi sembra quel gran passo avanti della tecnologia...l'interfaccia grafica non è che sia un granchè... e la Konsole non è altro che un DOS alternativo.....
E poi non dimentichiamo che Google non è altro che L'INDICE NON SCRITTO di Linux....anche a detta degli esperti...
Secondo me è più che altro questione di preferenze, non voglio scatenare un dibattito infinito.....diciamo ch di Linux è apprezzabile l'opensource, il fatto che non occorra avere delle licenze per utilizzare i programmi...e a dire il vero il fatto di avere i codici aperti è uno strumento importante, ma soprattutto per i programmatori veri, per chi c'ha studiato e ci studia veramente!!!
La mia posizione forse sarà troppo scettica, ma prima di lanciarmi nella novità cerco di analizzare tutti i pro e i contro senza farmi predere troppo dall'entusiasmo.....

Per concludere....non vedo tutta questa perdita di tempo nel cercare all'interno dei database in rete, basta soltanto saper utilizzare gli indici giusti nel modo giusto!!!!
Non mi è mai capitato, e ripeto mai....di aver condotto ricerche in database (sia per la ricerca di sequenze nucleotidiche, sia per la ricerca di sequenze proteiche), che abbiano richiesto un impegno di giorni, figurati.....sarei ancora là a cercare.....

per quanto riguarda la stringa: $ showfeat swissprot:tra2

volevo ricordare che per effettuare ricerche nel noto database di sequenze proteiche SWISSPROT della PROTEINA CODIFICATA DAL GENE tra2 (non il gene e basta...) non serve avere Linux!! Si può fare velocemente e comodamente in rete.....e non solo! i server OWL PIR, i tools BLAST PSI-BLAST CLUSTAL W e tanti altri strumenti per l'indagine bioinformatica sono comodamente disponibili in rete e possono essere consultati anche conuna certa velocità.
Certo è che se quello che cerchiamo è il "brivido del programmatore" digitando delle stringhe con dei comandi che danno l'idea di avere tra le mani un linguaggio per molti incomprensibile, prego....E' SOLO QUESTIONE DI PREFERENZE!!!
Gli strumenti li abbiamo comunque, sta a noi scegliere quale vogliamo usare, senza denigrare troppo gli altri perchè OGNUNO HA I SUOI PRO E CONTRO e NON E' PERFETTO!!!
Ah, il problema delle licenze dei programmi non è un vero è proprio problema, almeno per ora.....quando poi le cose cambieranno e i controlli si faranno più stretti, beh allora l'opensource sarà un mezzo da prendere in considerazione.

LA VERITA' STA NEL MEZZO!!
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