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emitoso
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Inserito il - 22 agosto 2005 : 16:15:17  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di emitoso Invia a emitoso un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Vi ricordate come si calcola il peso specifico di un plasmide sapendo la sequenza?

grazie

dallolio_gm
Moderatore


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Cittā: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 22 agosto 2005 : 19:15:09  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
gasp! ;)
La tua domanda č troppo strana per ignorarla.

Credo che il modulo su Bioperl sia questo: http://aspn.activestate.com/ASPN/CodeDoc/bioperl/Bio/Tools/SeqStats.html


p.s. come č scritto giustamente nelle ref., il peso molecolare varia a seconda delle condizioni in cui č l'acido - se gli OH sono protonati etc.., e se la seq. non č definita con precisione (es. M, N, P..).

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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emitoso
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11 Messaggi

Inserito il - 24 agosto 2005 : 15:15:53  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di emitoso Invia a emitoso un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
mi spiego meglio.

Ho un plasmide di cui so la lunghezza e la composizione in basi. Ho la concentrazione allo spettrofotomentro di una soluzione che lo contiene. Voglio sapere quante copie di plasmide contiene la soluzione.


Grazie ciao
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 24 agosto 2005 : 20:32:39  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Se ti lancio io il programma in BioPerl e ti dico il PM del plasmide (mi devi dare la sequenza, o per lo meno le %) non ti va bene lo stesso?

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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emitoso
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11 Messaggi

Inserito il - 25 agosto 2005 : 16:35:23  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di emitoso Invia a emitoso un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Bioperl? cos'e'? non c'e' un facile sistema di conversione? Sul Magnatis c'e' scritto che un plasmide di 4300 bp pesa 2,8x10e6 Dalton.
Forse ho risolto: 1 base= 641 Daltons. Un Dalton =1,66x10e-24 grammi. I risultati sperimentali sembrano darci ragione...voi che dite?
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 25 agosto 2005 : 16:46:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Quale base?
Se ti interessa questa e' la formula del modulo che ti avevo indicato:

  $C = 12.01;
    $O = 16.00;
    $N = 14.01;
    $H = 1.01;
    $P = 30.97;
    $water = 18.015;

    $adenine = 5 * $C + 5 * $N + 5 * $H;
    $guanine = 5 * $C + 5 * $N + 1 * $O + 5 * $H;
    $cytosine = 4 * $C + 3 * $N + 1 * $O + 5 * $H;
    $thymine = 5 * $C + 2 * $N + 2 * $O + 6 * $H;
    $uracil = 4 * $C + 2 * $N + 2 * $O + 4 * $H;

    $ribose_phosphate = 5 * $C + 7 * $O + 9 * $H + 1 * $P;      #neutral (unionized) form
    $deoxyribose_phosphate = 5 * $C + 6 * $O + 9 * $H + 1 * $P;

    # the following are single strand molecular weights / base
    $dna_A_wt = $adenine + $deoxyribose_phosphate - $water;
    $dna_C_wt = $cytosine + $deoxyribose_phosphate - $water;
    $dna_G_wt = $guanine + $deoxyribose_phosphate - $water;
    $dna_T_wt = $thymine + $deoxyribose_phosphate - $water;

    $rna_A_wt = $adenine + $ribose_phosphate - $water;
    $rna_C_wt = $cytosine + $ribose_phosphate - $water;
    $rna_G_wt = $guanine + $ribose_phosphate - $water;
    $rna_U_wt = $uracil + $ribose_phosphate - $water;

    $dna_weights = {
        'A'             => [$dna_A_wt,$dna_A_wt],            # Adenine
        'C'             => [$dna_C_wt,$dna_C_wt],            # Cytosine
        'G'             => [$dna_G_wt,$dna_G_wt],            # Guanine
        'T'             => [$dna_T_wt,$dna_T_wt],            # Thymine
        'M'             => [$dna_C_wt,$dna_A_wt],            # A or C
        'R'             => [$dna_A_wt,$dna_G_wt],            # A or G
        'W'             => [$dna_T_wt,$dna_A_wt],            # A or T
        'S'             => [$dna_C_wt,$dna_G_wt],            # C or G
        'Y'             => [$dna_C_wt,$dna_T_wt],            # C or T
        'K'             => [$dna_T_wt,$dna_G_wt],            # G or T
        'V'             => [$dna_C_wt,$dna_G_wt],            # A or C or G
        'H'             => [$dna_C_wt,$dna_A_wt],            # A or C or T
        'D'             => [$dna_T_wt,$dna_G_wt],            # A or G or T
        'B'             => [$dna_C_wt,$dna_G_wt],            # C or G or T
        'X'             => [$dna_C_wt,$dna_G_wt],            # G or A or T or C
        'N'             => [$dna_C_wt,$dna_G_wt],            # G or A or T or C
    };


Questo si traduce:
C: 307.2
G: 347.3
A: 331.3
T: 322.2

(il risultato e' per il SS, devi moltiplicare per 2)


Se mi invii la seq ti posso calcolare io il peso, altrimenti calcotela da solo a mano!!

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