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Sole_Robi
Nuovo Arrivato
Città: Parma
22 Messaggi |
 Inserito il - 26 gennaio 2008 : 14:38:16
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[testo cancellato su richiesta dell'autore]
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android
Nuovo Arrivato
Città: roma
41 Messaggi |
Inserito il - 27 gennaio 2008 : 10:19:36
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ciao!!
io mi baserei sul valore di e-value che ottieni dal blast che hai lanciato, credo che le sequenze dovrebbero avere un e-value minore di 0,001 x essere "considerate" omologhe |
"il risultato può essere casuale, la prestazione no" |
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Cika
Nuovo Arrivato
Prov.: MS
10 Messaggi |
Inserito il - 27 gennaio 2008 : 11:38:42
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il valore di E deve essereminore di 1e-5, quindi o,oooo1
più è piccolo E,maggiore è la significatività,cioè puoi escludere ke sia il caso a rendere le tue sequenze omologhe. |
Cika. |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 28 gennaio 2008 : 11:51:53
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Molti sostengono che un E-value di 1e-4 sia piu' che sufficiente.
Per esperienza io sono invece piu' in accordo con Cika; oltre ad un valore di E-value <= a 1e-5 dovresti anche considerare che un buon modello (almeno per fare homology modelling) dovrebbe avere anche un'identita' pari o superiore al 30%.
Per cercare ortologhi e paraloghi, omologhi remoti o meno io ti suggerirei di fare piu' di un blast utilizzando matrici di sostituzione (PAM, BLOSUM, ...) sia molto che poco "stringenti".
Prova a confrontare due blast, uno fatto impiegando una Blosum45 e un altro con una PAM30... |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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Sole_Robi
Nuovo Arrivato
Città: Parma
22 Messaggi |
Inserito il - 17 marzo 2008 : 12:33:10
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CIAO RAGAZZI RIFORMULO LA DOMANDA PER UNA SERIE DI IMPICCI PRATICI...
QUALE VALORE DI E VALUE DEVO CONSIDERARE PER PRENDERE DELLE SEQUENZE RISULTATNTI DA UNA RICERCA DI SIMILARITà CHE SIANO OMOLOGHE?? QUAL'è IL VALORE LIMITE??
GRAZIEEE
CIAUUUUU  |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
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Sole_Robi
Nuovo Arrivato
Città: Parma
22 Messaggi |
Inserito il - 22 marzo 2008 : 16:07:45
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