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Autore

Discussione

Bruce
Nuovo Arrivato

6 Messaggi

Inserito il - 27 gennaio 2008 : 20:37:57

Io ho queste tre sequenze :

>gi|4506451|ref|NP_002890.1| retinol binding protein 1, cellular [Homo sapiens]
MPVDFTGYWKMLVNENFEEYLRALDVNVALRKIANLLKPDKEIVQDGDHMIIRTLSTFRNYIMDFQVGKE
FEEDLTGIDDRKCMTTVSWDGDKLQCVQKGEKEGRGWTQWIEGDELHLEMRVEGVVCKQVFKKVQ

>gi|6755300:1-135 retinol binding protein 1, cellular [Mus musculus]
MPVDFNGYWKMLSNENFEEYLRALDVNVALRKIANLLKPDKEIVQDGDHMIIRTLSTFRNYIMDFQVGKE
FEEDLTGIDDRKCMTTVSWDGDKLQCVQKGEKEGRGWTQWIEGDELHLEMRAEGVICKQVFKKVH

>gi|156766057:1-132 retinol binding protein 1b, cellular [Danio rerio]
MPDYTGYWKMISNNNFEYLKALDVNVAIRKIAILLRPDKDISQNGDHFVIKTVSTFKNYDMDFVVGQEFE
EDLGPVDGRKCMTTITWDGDKLVCVQKGEVEGRGWTQWIEGDELHLELRAGGVVGKQIFKKS

che ho solvato in un file .txt. Utilizzo ClustalX per allinearle e genedoc per visualizzarle.
Ma il mio esercizio mi chiedi quanti sono i residui uguali tra le sequenze di uomo e topo e diversi in zebrafish e quanti sono i residui uguali tra le sequenze di uomo e zebrafish e diversi nel topo?

Come risposte mi da i seguenti risultati che non riesco ad ottenere utilizzando geneDoc.

U-T uguali, diversi in Z: 32

U-Z uguali, diversi in T:1

Mi chiede poi di indicare le possibili relazioni evolutive tra le sequenze considerate, come posso fare?
La risposta che mi d� � la seguente: ((U,T),Z): le sequenze di uomo e di topo sono pi� vicine tra loro che non Z. Queste relazioni sono le stesse delle relazioni filogenetiche tra gli organismi e potrebbero indicare una relazione di ortologia tra i geni.
Ma pure qui come la si ottiene?

Grazie per la pazienza
studente in difficolt�