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Messaggio inserito da AleXo

per il problema:
1)ricerca in un databease la sequenza della proteina che t'interessa (l'elastase umana):
-->Io ho preso la sequenza proteica (in proteina veritas!) dal sito www.expasy.ch (ce ne sono altri, io amo questo).
Ho lanciato una ricerca per "elastase human", fra i vari risultati ho scelto semplicemente il primo (ELA1_HUMAN), in fondo alla paginona di informazioni trovi la sequenza, ho clikkato su "fasta format", e ho copiato al sequenza x intero.
2) Blast it!
--> qui (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ , nella pagina trovi tutte le info sul tool blast) ho scelto blastp (allineamenti proteina-proteina), nella pagina ke mi si è aperta ho incollato la sequenza (nel box search) e prima di lanciare il programma (tasto blast) nella lista limits pco sotto ho scelto c.elegans. lanciato il programma si apre un'altra finestra perkè trova un dominio conservato, lassa perde, e clikka su format.
un pò di pazienza(poka) ed arrivi alla pagina del risultato. Le proteine + simili in elegans all'elastasi umana sono le trypsin-like protease protein come si vede dall'allalineamento. In parole poverissime il programma usa la sequenza da te scelta come esca in una banca dati di sequenze (in questo caso con la limitazione al solo c elegans) per "pescare" le sequenze + simili alla tua, di conseguenza peski la proteina + simile.
spero di essere stato kiaro, di solito non lo sono tanto!
kiedi pure cmq! nell'attesa del BioInformatico (con B e I maiuscole) del forum (dallolio_gm).
Magari domani leggo l'esercitazione, la feci anke durante il corso...

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