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carlo4567
Nuovo Arrivato

Prov.: roma
Città: roma


40 Messaggi

Inserito il - 12 settembre 2005 : 17:27:12  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di carlo4567 Invia a carlo4567 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Dovrei completare il seguente esercizio

Vorrei un piccolo aiuto

Grazie

Completare la seguente tabella utilizzando come matrice di sostituzione la PAM240

con una penalità di gap 5.
a
SeqA: F E F G W B C R T K
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
V 0
H 0
W 0
S 0
C 0
E 0
E 0
K 0
Q 0
F 0


a) allineamento del primo aminoacido della sequenza A con il primo aminoacido della

sequenza in verticale
b) controllare il punteggio della coppia di aminoacidi considerati nella matrice

pam 240 e segnarlo in piccolo nella casella in alto corrispondente alla coppia di

aminoacidi nella tabella dell'allineamento
c) eseguire il calcolo del punteggio secondo l'allineamento e il punteggio della

matrice e segnarlo in grande nella stessa casella in centro
d) ripetere la stessa procedura per ogni casella vuota della prima riga e poi

passare alla riga successiva fino al completamento della tabella
e) evidenziare l'allineamento o gli allineamenti più probabili tra le due

sequenze

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 12 settembre 2005 : 20:25:34  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ma non mi sembra difficile,
dicci qual e' il problema e ti aiuteremo (mica vi possiamo fare noi i compiti a casa qui) (gia' mi tocca trattare con troppe persone che non sanno nemmeno cos'e' un editor di testo e vogliono che gli si scriva un programma per prevedere il destino dell'umanita' da una sequenza proteica in tre giorni perche' credono che la bioinformatica sia una cavolata)

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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carlo4567
Nuovo Arrivato

Prov.: roma
Città: roma


40 Messaggi

Inserito il - 15 settembre 2005 : 16:57:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di carlo4567 Invia a carlo4567 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Hai ragione, ma purtoppo lavorando non ho molto tempo per segurie le lezioni.
Ho provato a risolvere l'esercizio con il libro di testo, ma non sono riuscito a cavarci le gambe.
Ne devo fare tanti altri, ma una volta risolto uno,e capito il procedimento, per gli altri mi arrangio da me.
Ti sarei davvero molto molto grato se tu potessi aiutarmi.
Poi se questi problemi sono troppo banali, prometto che non farò altri post

Comunque grazie di cuore per ogni eventuale aiuto
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 15 settembre 2005 : 22:10:35  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
no ma io scherzo chiedi pure!

Ok, allora, questa è la matrice PAM240


   A  R  N  D  C  Q  E  G  H  I  L  K  M  F  P  S  T  W  Y  V  B  Z  X  *
A  2 -2  0  0 -2  0  0  1 -1 -1 -2 -1 -1 -4  1  1  1 -6 -4  0  0  0  0 -8
R -2  6  0 -1 -4  1 -1 -3  2 -2 -3  3  0 -5  0  0 -1  2 -4 -3 -1  0 -1 -8
N  0  0  2  2 -4  1  1  0  2 -2 -3  1 -2 -4 -1  1  0 -4 -2 -2  2  1  0 -8
D  0 -1  2  4 -5  2  4  1  1 -2 -4  0 -3 -6 -1  0  0 -7 -4 -2  3  3 -1 -8
C -2 -4 -4 -5 12 -6 -6 -4 -4 -2 -6 -6 -5 -5 -3  0 -2 -8  0 -2 -5 -6 -3 -8
Q  0  1  1  2 -6  4  3 -1  3 -2 -2  1 -1 -5  0 -1 -1 -5 -4 -2  1  3 -1 -8
E  0 -1  1  4 -6  3  4  0  1 -2 -3  0 -2 -6 -1  0  0 -7 -4 -2  3  3 -1 -8
G  1 -3  0  1 -4 -1  0  5 -2 -3 -4 -2 -3 -5 -1  1  0 -7 -5 -1  0  0 -1 -8
H -1  2  2  1 -4  3  1 -2  7 -3 -2  0 -2 -2  0 -1 -1 -3  0 -2  1  2 -1 -8
I -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -3  5  2 -2  2  1 -2 -1  0 -5 -1  4 -2 -2 -1 -8
L -2 -3 -3 -4 -6 -2 -3 -4 -2  2  6 -3  4  2 -3 -3 -2 -2 -1  2 -4 -3 -1 -8
K -1  3  1  0 -6  1  0 -2  0 -2 -3  5  0 -5 -1  0  0 -4 -5 -3  1  0 -1 -8
M -1  0 -2 -3 -5 -1 -2 -3 -2  2  4  0  7  0 -2 -2 -1 -4 -3  2 -2 -2 -1 -8
F -4 -5 -4 -6 -5 -5 -6 -5 -2  1  2 -5  0  9 -5 -3 -3  0  7 -1 -5 -5 -2 -8
P  1  0 -1 -1 -3  0 -1 -1  0 -2 -3 -1 -2 -5  6  1  0 -6 -5 -1 -1  0 -1 -8
S  1  0  1  0  0 -1  0  1 -1 -1 -3  0 -2 -3  1  2  1 -3 -3 -1  0  0  0 -8
T  1 -1  0  0 -2 -1  0  0 -1  0 -2  0 -1 -3  0  1  3 -5 -3  0  0 -1  0 -8
W -6  2 -4 -7 -8 -5 -7 -7 -3 -5 -2 -4 -4  0 -6 -3 -5 17  0 -6 -5 -6 -4 -8
Y -4 -4 -2 -4  0 -4 -4 -5  0 -1 -1 -5 -3  7 -5 -3 -3  0 10 -3 -3 -4 -2 -8
V  0 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2  4  2 -3  2 -1 -1 -1  0 -6 -3  4 -2 -2 -1 -8
B  0 -1  2  3 -5  1  3  0  1 -2 -4  1 -2 -5 -1  0  0 -5 -3 -2  3  2 -1 -8
Z  0  0  1  3 -6  3  3  0  2 -2 -3  0 -2 -5  0  0 -1 -6 -4 -2  2  3 -1 -8
X  0 -1  0 -1 -3 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1  0  0 -4 -2 -1 -1 -1 -1 -8
* -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8  1


E questa è la matrice delle tue due sequenze:

   F  E  F  G  W  B  C  R  T  K
V
H
W
S
C
E
E
K
Q
F


Per il punto a-b, devi prendere il primo aa della seqA (è una F) ed il primo della SeqB (V)
Ora vai alla matrice PAM e prendi l'intersezione tra V ed F (se non mi sono cecato, il valore è -1)


   F  E  F  G  W  B  C  R  T  K
V -1
H
W
S
C
E
E
K
Q
F

e così via per tutti gli aa: devi prendere l'intersezione E-V (-2), di nuovo F-V (-1), G-V (-1), e così via. Farlo a mano mi sembra un po' macchinoso, l'ideale sarebbe scrivere un piccolo programma apposta.
Quando hai finito, devi cercare la linea diagonale con il punteggio più alto. Credo che se il prof ti ha chiesto questo si possa fare ad occhio. Per la precisione, devi partire da un aa sulla prima riga, possibilmente, e arrivare all'ultima: ogni volta che fai un movimento in diagonale aggiungi il valore della casella in cui arrivi, invece se devi fare un movimento laterale (in alto o in basso) sottrai anche 5 (così come l'ho detto sembra un gioco). ciao..


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carlo4567
Nuovo Arrivato

Prov.: roma
Città: roma


40 Messaggi

Inserito il - 16 settembre 2005 : 06:35:12  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di carlo4567 Invia a carlo4567 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie

Sei stato chiarissimo
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 16 settembre 2005 : 23:58:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Wow! Posso dire che non ci ho capito una mazza?
Cioe', la spiegazione era chiarissima, saprei risolvere l'esercizio anche io... ma dovrei leggermi un paio di testi di bioinformatica perche' non ho idea di cosa siano le matrici di sostituzione etc...

nICO

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Dinosauri.too.it
Utente Junior


Città: Napoli


167 Messaggi

Inserito il - 17 settembre 2005 : 10:03:19  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Dinosauri.too.it Invia a Dinosauri.too.it un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da chick80


PS: dallolio... non spaventare i nuovi visitatori!



omnis cellula e cellula
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 18 settembre 2005 : 00:42:26  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:

PS: dallolio... non spaventare i nuovi visitatori!


ok c'hai ragione ho esagerato... chiedo perdono


Citazione:
Messaggio inserito da chick80

Wow! Posso dire che non ci ho capito una mazza?
Cioe', la spiegazione era chiarissima, saprei risolvere l'esercizio anche io... ma dovrei leggermi un paio di testi di bioinformatica perche' non ho idea di cosa siano le matrici di sostituzione etc...

nICO

non è così complicato come potrebbe sembrare... è solo un sistema per attribuire un punteggio ad una sostituzione aminoacida. Dai un valore alto quando incontri una sostituzione molto comune (senza sapere perchè, semplicemente prendi un tot di sequenze simili e conti quante volte avviene ogni possibile scambio) ed uno basso quando trovi una sostituzione rara.

p.s. saluti dalla germania (un po' lontano!! )

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
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