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Cloe
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
 Inserito il - 20 settembre 2005 : 15:00:08
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Ciao a tutti, sono nuova e spero mi possiate aiutare.
il mio quesito è questo: una volta identificato un gene candidato per una patologia nel topo come trovo il suo omologo nell'uomo?
Grazie
Cloe
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nanatilve74
Nuovo Arrivato
1 Messaggi |
Inserito il - 20 settembre 2005 : 15:58:03
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| brava cloe ! bella domanda, anche io sarei interessata a sapere come si fà..vediamo se qualcuno ci può aiutare.. |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 20 settembre 2005 : 16:11:38
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Vai su Ensembl: http://www.ensembl.org ; entri in "browse - Mus musculus", e da lì cerchi il tuo gene. Ti apparirà una tavola con un po' di informazioni, tra cui gli omologhi in altri organismi, se sono stati identificati.
Potresti provare anche Biomart(/www.ensembl.org/Multi/martview" target="_blank">http://wwww.ensembl.org/Multi/martview) |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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AleXo
Moderatore
Prov.: Estero
Città: San Francisco, California
1550 Messaggi |
Inserito il - 20 settembre 2005 : 16:13:50
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penso ke la via + semplice sia quella di "blastare" la sequenza ke hai trovato contro una banca dati di sequenze umane, pescando cos“ le + simili.
blast qui: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
dovrebbe essereci anke un tutorial, altrimenti in rete, e penso anke qui, ne troverai a sufficienza.
Spero di essere stato utile. |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 20 settembre 2005 : 16:15:40
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| eheh per 2 minuti ;) |
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Cloe
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 20 settembre 2005 : 16:26:44
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Grazie ragazzi, siete stati utilissimi.Visito i siti e vi faccio sapere
Cloe :) |
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AleXo
Moderatore
Prov.: Estero
Città: San Francisco, California
1550 Messaggi |
Inserito il - 20 settembre 2005 : 16:32:21
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la tastiera + veloce d'Espana!
Mi sovviene quando il prof ci fece -illo tempore- una domanda simile rispondemmo TUTTI in maniera bioinformatica, e lui ci rimase malissimo!!! Voleva sentirsi una risposta di bio mol, stupendosi del fatto ke intuitivamente avevamo dato una semplice, rapida e corretta soluzione bioinfo.
Da allora ci ha costretto a fingerci ricercatori anni '80! :)
Nel caso: sinteticamente, per recuperare l'omologo in lab si dovrebbe usare la sequenza (o parte) di DNA del gene d'interesse come sonda in una libreria, genomica o di cDNA a seconda del caso, umana. penso ke i protocolli + diffusi in merito sfruttino fagi. |
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Cloe
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 20 settembre 2005 : 17:27:29
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In realtà anche io avevo già pensato ad una risoluzione bioinformatica e conosco blast già da tempo.Non ti nego che essendo una biologa mi interessava conoscere anche l'aspetto obsoleto di biologia molecolare, che, per mancanza di esperienza non saprei come condurre.
Cloe |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 21 settembre 2005 : 22:45:34
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| A forza di curare database ti posso dire che a volte ho visto usare una semplice PCR per identificare se in una cellula c'è un trascritto con una seq. simile a quella conosciuta. Questo ha i suoi svantaggi (se il gene non è espresso nelle tue cellule, ad esempio) però è abbastanza veloce.. |
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AleXo
Moderatore
Prov.: Estero
Città: San Francisco, California
1550 Messaggi |
Inserito il - 22 settembre 2005 : 01:15:27
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| beh non direi obsoleto, ma di certo prima ke mettersi ad armeggiare in lab -ke è anke la parte + divertente- una ricerca al computer anke di poki può far risparmiare molto! |
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