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 strutture secondarie in mRNA che inibiscono la..
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ginetto
Nuovo Arrivato



7 Messaggi

Inserito il - 13 febbraio 2008 : 00:40:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ginetto Invia a ginetto un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
...traduzione!

Sto cercando un alibi per giustificare la mancata espressione delle mie piccole proteine random (vedi la discussione "Espressione e purificazione di piccole proteine").
Ho letto che se l'mRNA forma strutture secondarie sopratutto intorno al sito d'inizio, la traduzione potrebbe essere minore o addirittura nulla.
Ho provato a simulare le strutture secondarie dell'mRNA con RNA Draw ma come interpretarlo?

Qualcuno ha qualche idea?

Cercasi anche altri alibi!!

darkene
Utente Junior

occhi



291 Messaggi

Inserito il - 13 febbraio 2008 : 16:30:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di darkene Invia a darkene un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
io prima di tutto verificherei se l'RNA viene trascritto. puoi fare una semplice estrazione di RNA e una RT-PCR (non real time ma reverse transcriptase) con oligo specifici per l'mRNA per vedere se Ŕ espresso.
constatata l'espressione dell'RNA puoi pensare al resto.
secondo me (ammesso che l'rna venga prodotto) il problema Ŕ pi¨ legato alla stabilitÓ della proteina: piccole proteine (per lo pi¨ prodotte in maniera random) possono essere molto instabili.
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ginetto
Nuovo Arrivato



7 Messaggi

Inserito il - 13 febbraio 2008 : 19:14:07  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ginetto Invia a ginetto un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Una prova potrei farla, almeno per eliminare qualche dubbio.

Per quanto riguarda la stabilitÓ delle mie proteine, ho provato anche ad esprimerle in fusione con pIII (porzione della proteina III del fato M13), operazione fatta giÓ in precedenza per phage display, ma non ho ottenuto brillanti risultati.

Purtroppo il tempo scarseggia per fare molte prove... quindi nell'attesa che esca qualche risultato positivo, cerco altri alibi!!

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