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Autore

Discussione

carlo4567
Nuovo Arrivato

Prov.: roma
Citt�: roma

40 Messaggi

Inserito il - 08 ottobre 2005 : 08:25:18

Devo risolvere il seguente quesito

Trovare il nome del gene della ferritina ed il cromosoma su cui � localizzato usando Ensembl.

Scartare geni i che codificano per proteine simile (ferritin like) o per la catena leggera.
Visualizzare il gene sulla mappa del cromosoma.

Dall apagina dei risultati
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/textview?species=Homo_sapiens&idx=Gene&q=ferritin

Ho pensato di prendere quello localizzato sul cromosoma 11
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/geneview?gene=ENSG00000167996

Ora per� dovrei:
Scaricare in formato FASTA i seguenti dati:
la sequenza che viene trascritta (cDNA)
la sequenza codificante
le sequenze dei tratti non codificati 3� UTR e 5� UTR
Verificare che la somma del tratto codificante e di quelli non codificanti corrisponda alla sequenza del cDNA.

Grazie a tutti coloro che potranno darmi una mano

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 17 ottobre 2005 : 18:38:44

ciao!
Per queste domande ti consiglierei di dare una occhiata ad EnsMart http://www.ensembl.org/Multi/martview
Devi selezionare il database Ensembl 34 (lo aggiornano ogni 6 mesi) e poi mettere come filtro l'id del tuo gene sotto Id list limit.
Nella pagina successiva se cambi 'sequences' al posto di 'structures' puoi trovare tutte le informazioni che cerchi. tofaa, faka fetai...

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)