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winnyyy
Nuovo Arrivato

Prov.: Salerno
Citt�: Salerno

7 Messaggi

Inserito il - 22 febbraio 2008 : 21:28:03

Salve ragazzi sono un new entry di questo forum che trovo davvero straordinario.
Comunque Volevo chiedervi cme era possibili mediante un sequanziamento di una proteina risalire alla sua sequenza amminoacidica.Da ci� che ho studiato ho capito che dopo aver puruficato la proteina in seguito per esempio a una Isoletrofocalizzazione procedo degradandola prima con Edman(degradandola nella parte N-terminale) e poi con bromuro di cianogeno che mi permette di separare la proteina li dove ho una metionina ottenndo dei polipeptidi.Ora diciamo dopo aver condotto queste metodiche di frammentazione cme faccio a riassembleare i peptidi e sapere cme devono essere disposti? Qual'� la procedura di frammentazione pi� utilizzata??
Grazie in anticipo

123Vale
Nuovo Arrivato

57 Messaggi

Inserito il - 24 febbraio 2008 : 11:17:10

Ciao!
Prima si frammenta una proteina con o un metodo chimico(bromuro di cianogeno, etc)oppure tramite proteasi(es. tripsina). Considerando che tu hai tagliato la proteina con tripsina avrai tutti i vari peptidi di taglio che terminano con Lys o Arg e saranno della lunghezza approppiata da far entrare nel sequenziatore, perch� il sequenziatore da sequenza di frammenti lunghi fino a 70-80aa dopodich� c'� troppo segnale di fondo dei precedenti aa sequenziati e i tuoi picchi di analisi non sn pi� attendibili.
Dopo che hai i vari peptidi di frammentazione li tratti con PITC( Phenil Iso Tio Cianato) e tramite la reazione di Edgman otterrai che questa molecola partendo dall'estremit� ammino-terminale ti stacca i vari aa, li carica sul PITC che si riduce a PTH aa residuo.
Poi devi essere in grado d comprendere che aa si � legato all'PTC e lo fa il sequenziatore tramite il pocco caratteristico di ogni aa.
Dopodich� hai la tua sequenza dei vari frammenti tripitici.L'ordine della proteina te lo costruisci partendo dal fatto che non puoi tagliarla con un solo enzina o reagente chimico, ma devi fare almeno due "digestioni" troverai nelle sequenze derivanti da ogni enzima delle regioni di sovrapposizione e comprenderai piano piano l'ordine della proteina sovrapponendole.
Ti ho confuso maggiormente le idee???

winnyyy
Nuovo Arrivato

Prov.: Salerno
Citt�: Salerno

7 Messaggi

Inserito il - 27 febbraio 2008 : 18:01:37

A dir la verit� sei stata esaustiva...Le cose cominciano ad essermi un p� pi� chiare..Grazie