mismatch al 3' di un primer

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MirrorHole
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14 Messaggi

Inserito il - 24 febbraio 2008 : 16:21:26

Ciao a tutti!
Vorrei una conferma da voi!
In linea teorica un mismatch di due nucleotidi (CA) al 3'di un primer dovrebbe impedire la polimerizzazione da parte della Taq...che cosa ne pensate? Pu� dipendere anche dalle condizioni di stringenza (temperatura, forza ionica...)?

...accendere una candela � gettare un'ombra...

MirrorHole
Nuovo Arrivato

14 Messaggi

Inserito il - 25 febbraio 2008 : 22:38:05

...nessuno risponde?!

...accendere una candela � gettare un'ombra...

paolo865
Utente Junior

Prov.: Como
Citt�: Olgiate Comasco

262 Messaggi

Inserito il - 25 febbraio 2008 : 23:38:21

se non sbaglio una delle cose pi� importanti per permettere il corretto appaiamento del primer � che non vi siano mismatch al 3'. Pur cambiando le condizioni di stringenza, se manca la complementariet� al 3' la taq pol non dovrebbe riuscire ad amplificare nulla.

MirrorHole
Nuovo Arrivato

14 Messaggi

Inserito il - 26 febbraio 2008 : 00:34:12

...no infatti teoricamente DEVE ESSERE COS�!...avevo bisogno solo di una conferma sulle condizioni di stringenza!
Grazie!

...accendere una candela � gettare un'ombra...

Neuroscience
Utente

659 Messaggi

Inserito il - 26 febbraio 2008 : 14:26:19

dipende che intendi per condizioni di stringenza.
Poich� se anche solo 1 nucleotide al 3' � sbagliato non si amplifica niente anche se abbassi la temperatura di 10 gradi al di sotto della Tm, per� se scendi ancora c'� la possibilit� che l'oligo si annili, anche se male, da qualche altra parte e possa in teoria generare un prodotto di PCR.

Per� per amplificare l'ultimo nucleotide deve necessariamente appaiarsi bene altrimenti la Taq non amplifica

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