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doctor82
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
 Inserito il - 26 febbraio 2008 : 14:48:49
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cari amici ecco un altro dubbio: per semplicità diciamo che ho eseguito un esame pcr real time su un gene x in alcuni soggetti con tumore in confronto ad un gruppo di soggetti sani. e ho eseguito una pcr "relativa" nel senso che ho espresso la quantità del mio gene x in relazione ad un gene endogeno di controllo y. nel fare ciò ho usato il seguente algoritmo: ho calcolato il delta CT del gruppo di pazienti malati(sottraendo al ct medio del gene x il ct medio del gene di controllo y) e poi ho calcolato il ct del gruppo dei pazienti sani allo stesso modo; poi ho calcolato il delta delta CT sottraendo al delta CT del gruppo pazienti il delta CT del gruppo sani; dopo di che ho svolto il seguente calcolo : (2) elevato alla (meno delta delta CT) e così ho ottenuto un valore che mi esprime l'espressione relativa al gene di controllo del mio gene di studio!!!!(spero di essere stato chiaro)
ora le mie donade sono:
1)intanto l'algoritmo che ho usato è giusto?
2)se il delta delta ct mi viene negativo è giusto che io lo consideri sempre in senso assoluto quindi senza segno?
3) è corretto che il valore finale(ovvero 2 alla meno delta delta ct), anche se studiassi altri geni, mi deve venire sempre compreso tra 0 e 1?
4) se ad esempio il valore finale che ottengo è uguale a 0,4 in base a cosa posso dire che il mio gene di studio x è over espresso o sotto espresso rispetto al mio gene y di controllo?
grazie infinite per l'aiuto che potrete darmi, ps se avete bisogno di chiarimenti ditelo 
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chick80
Moderatore
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doctor82
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
Inserito il - 26 febbraio 2008 : 22:43:17
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ciao chick in effetti il link di discussione che mi hai dato mi ha confermato la validità della formula che ho usato...ti sarei grato se (quando hai tempo ovviamente) mi aiuteresti a rispondere alle domande che mi sono posto nella primo messaggio. in particolare al fatto che se mi esce un D D CT negativo devo poi considerarlo in senso assoluto per poi fare 2 elevato alla meno D D CT, perchè se è negativo poi dovrei fare 2 elevato alla meno meno DDCT che poi sarebbe uguale a 2 elevato alla + DDCT!!!e quindi avrei un valore superiore a uno. e poi anche il concetto della over e sotto espressione circa poi i risultati che ottengo
grazie infinite ps se continuiamo così mi sentirò in dovere di citarti nei ringraziamenti della mia tesi  |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 28 febbraio 2008 : 01:36:41
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Ciao, scusa tra una cosa e l'altra mi sono scordato di risponderti.
Citazione:
se il delta delta ct mi viene negativo è giusto che io lo consideri sempre in senso assoluto quindi senza segno?
Il ddCt è la differenza fra il dCt del trattato - dCt del controllo. Se viene negativo vuol dire che il trattato ha un dCt < di quello del controllo, ovvero che nel tuo trattato hai un'aumentata espressione del gene.
E' quindi importante lasciare il segno, perchè altrimenti non potresti distinguere es. un ddCt = -2 (in cui il trattato ha una maggiore espressione del gene) con ddCt = 2 (in cui ha minore espressione).
Quando vai a fare 2^-ddCt, nel nostro esempio otterrai:
ddCt = -2 ----> 2^-ddCt = 2^-(-2) = 2^2 = 4
ddCt = 2 ----> 2^-ddCt = 2^-2 = 1/4
Citazione:
è corretto che il valore finale(ovvero 2 alla meno delta delta ct), anche se studiassi altri geni, mi deve venire sempre compreso tra 0 e 1?
No, proprio per il fatto che ddCt può essere negativo.
Citazione:
se ad esempio il valore finale che ottengo è uguale a 0,4 in base a cosa posso dire che il mio gene di studio x è over espresso o sotto espresso rispetto al mio gene y di controllo?
Vedi sopra. >1 sovraespresso, <1 sottoespresso. |
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doctor82
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
Inserito il - 28 febbraio 2008 : 03:37:01
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chick come sempre sei illuminante grazie infinite.
una cosa volevo aggiungere. abbiamo detto che il delta delta CT quindi può essere negativo e io devo conservare il segno. la stessa cosa vale per il delta CT?
esempio: CT gene di studio(gruppo malati)=15; CT gene controllo (gruppo malati)=16
CT gene di studio (gruppo sani)=20; CT gene controllo (gruppo sani)=18
delta CT gruppo malati= 15-16=-1
delta CT gruppo sani= 20-18=2
delta delta CT= (-1)-(2)=-3
poi faccio 2 alla -(-3)=2 alla terza=8
è giusto il ragionamento? grazie mille chick |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
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Cangrande
Utente Junior
Prov.: Verona
280 Messaggi |
Inserito il - 01 marzo 2008 : 14:02:38
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| Confermo anch'io che tutti i tuoi passaggi sono corretti. |
Magnifico atque victoriosissimo Domino, Domino Kani Grandi de la Scala. |
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doctor82
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
Inserito il - 02 marzo 2008 : 21:22:33
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| grazie a tutti ragazzi per il prezioso aiuto |
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d.goldy
Nuovo Arrivato
39 Messaggi |
Inserito il - 22 agosto 2012 : 14:42:00
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Ciao a tutti, so che questo post è abbastanza vecchio, ma non so se devo postare i miei dubbi qui o da qualche altra parta...
Comunque, io sto facendo un po' di calcoli usando il #8710;#8710;Ct method, ma non riesco a capire una cosa... forse è una gran cavolata, ma sono confusa.
Quando Chick80 dice che
Quando vai a fare 2^-ddCt, nel nostro esempio otterrai:
ddCt = -2 ----> 2^-ddCt = 2^-(-2) = 2^2 = 4
ddCt = 2 ----> 2^-ddCt = 2^-2 = 1/4
Significa che alla fine se ho ddCt =-2 posso dire che il trattato è 4 volte il controllo e nel caso di ddct=+2 il trattato è 1/4 (25%)del controllo?
Grazie ragazzi :) |
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