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Fil23
Utente Junior
Prov.: estero
Città: London
238 Messaggi |
 Inserito il - 17 ottobre 2005 : 17:52:03
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Ciao a tutti!
Conoscete, per caso, un software o un metodo per calcolare superfici idrofiliche o idrofobiche? Io ho trovato solo strumenti che lo fanno su sequenze in fasta format....a me servirebbe farlo su file.pdb....un qualcosa che mi calcola i potenziali della struttura tridimensionale!
Raga help me!!!
ciao a tutti  
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 17 ottobre 2005 : 18:45:26
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uh, ciao!
sinceramente non ti so rispondere in maniera molto scientifica, io lavoro più sui fasta.
Cmq se vai su rasmol/rastop. puoi usare il comando 'select surface and hydrophobic' e quindi 'show selected' per avere la lista di quali sono gli atomi interessati.
Inoltre su rcsb.org c'è qualche tool a proposito: http://rutgers.rcsb.org/pdb/software-list.html#Analysis , forse questo: http://monte.biochem.wisc.edu/~tsodikov/surface.html
facci sapere... |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Fil23
Utente Junior
Prov.: estero
Città: London
238 Messaggi |
Inserito il - 18 ottobre 2005 : 14:38:09
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| Grazie mille....ora li provo tutti |
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Fil23
Utente Junior
Prov.: estero
Città: London
238 Messaggi |
Inserito il - 18 ottobre 2005 : 16:14:24
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Ciao!
Li ho provati, ma nn vanno bene! I tools di PDB non calcolano i potenziali superficiali! Rastop colora i residui...ed è già qualcosa! A me nn serve sapere che carica hanno i residui in una zona, ma l'effetto dominante in quella zona!
L'idea sarebbe un programma che mi colora la superficie proteica a chiazze, con colori che indicano l'idrofobicità, l'idrofilicità e la neutralità. Non importa se lo visualizza o meno, basta fornisca risultati con cui poi posso lavorare.
Mi rendo conto che è ostica come cosa....però mi sembra una cosa abastanza utile sapere i potenziali presenti in una regione superficiale proteica...possibile che nessuno ci abbia mai pensato?
Vi spiego a cosa mi serve: ho fatto 1 docking...ma devo fare uno screening per scegliere il risultato migliore....vorrei sapre su che superfici ha legato i 2 monomeri...se sono 2 superfici completamente idofiliche è dura che sia un dimero stabile...no?
ciao a tutti |
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Armando
Nuovo Arrivato
Prov.: AT
Città: Mombercelli
2 Messaggi |
Inserito il - 18 ottobre 2005 : 21:58:11
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Ciao,
io conosco un programma che ti permette di fare quello che chiedi, è un software gratuito e lo puoi scaricare dal seguente link:
http://www.expasy.org/spdbv/
Una volta che l' hai installato e aperto il file pdb vai su "preferences" e poi "surfaces" e selezioni "Electrostatic potential", poi vai su "tools" e quindi "compute molecular surface" ed il gioco è fatto.
Ciao |
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Fil23
Utente Junior
Prov.: estero
Città: London
238 Messaggi |
Inserito il - 19 ottobre 2005 : 11:14:08
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Ciao
Conosco Swiss-PDB Viewer, ma quando lavori con proteine medio-grosse anche i calcoli più banali lo fanno impallare...i calcoli che dici te nn meli fa...dice che c'è 1 errore e si chiude...deve avere qualche baco!
Cmq ora provo a vedere se riesco a risolvere, xkè sembrerebbe la strada migliore!
Cmq grazie mille del suggerimento
ciao ciao |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 07 novembre 2005 : 16:36:52
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Citazione:
Messaggio inserito da Fil23
...Vi spiego a cosa mi serve: ho fatto 1 docking...ma devo fare uno screening per scegliere il risultato migliore....vorrei sapre su che superfici ha legato i 2 monomeri...se sono 2 superfici completamente idofiliche è dura che sia un dimero stabile...no?
ciao a tutti
Io conduco docking usando MOE; la conformazione migliore la scelgo sulla base di una funzione di scoring che tiene conto sia del grado di sovrapposizione tra ligando e rec, sia della variazione di energia libera. Se poi hai azzeccato la conformazione adeguata lo vedi subito dai primi step di dinamica molecolare. Purtroppo MOE è un programma a pagamento.
Se invece ti serve generare superfici belle colorate prova ad usare pymol (pymol.sourceforge.net/): non ho ancora imparato ad usarlo bene, ma dai tutorial sembra un viewer estremamente versatile e potente.
Cmq prima di andare a fare un confronto tra superfici, ti consiglierei di andare a valutare legami idrogeno ed eventuali bumps. Ho avuto esperienza di un docking che fittava benissimo in termini di scoring, ma aveva dei bumps enormi. Risultato: alla minimizzazione il complesso letteralmente esplodeva se non facevo una serie di minimizzazioni preliminari imponendo una barriera energetica che gradualmente abbassavo (tethering su tutti gli atomi, ndr) |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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