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RNA world
Utente Junior

dna


370 Messaggi

Inserito il - 15 aprile 2008 : 10:39:12  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di RNA world Invia a RNA world un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao a tutti,

in questi giorni mi trovo a dover rifare delle rappresentazioni che ho trovato in un articolo in bianco e nero.

La proteina è la CUZNSOD, cioè la superossido dismutasi, ed è un dimero.

Come posso fare per visualizzare solo uno dei due monomeri?

grazie

sverza
Nuovo Arrivato

Città: Milano


2 Messaggi

Inserito il - 17 aprile 2008 : 09:41:27  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di sverza  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di sverza Invia a sverza un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao! Esempio (ho scaricato da pdb.org 1AZV, dimero sod): in basso a destra del Pymol Viewer clicca su Selecting fino a quando non compare la scritta Chains. Quindi ti basta cliccare su di un qualsiasi residuo della catena che ti interessa ed essa interamente verrà selezionata. Ora puoi devisualizzare tale catena oppure tasto dx -> actions -> invert e ti seleziona tutto il resto, così da poterlo devisualizzare!
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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1303 Messaggi

Inserito il - 17 aprile 2008 : 16:00:37  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
L'equivalente di sverza con un'unica riga di comando:

hide everything, all and not(chain a)

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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RNA world
Utente Junior

dna



370 Messaggi

Inserito il - 17 aprile 2008 : 19:41:28  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di RNA world Invia a RNA world un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie a tutti per i consigli...

ho risolto, alla prossima


ciao
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RNA world
Utente Junior

dna



370 Messaggi

Inserito il - 18 aprile 2008 : 11:21:55  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di RNA world Invia a RNA world un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
altro dubbio:

usando pymol, come si fa a rendere piu visibili i label dei residui, cioè come faccio a fare apparire la scritta piu' distante dall'aa a cui si riferisce? questa cosa non l'ho trovata nella wiki di pymol.

grazie

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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1303 Messaggi

Inserito il - 18 aprile 2008 : 11:45:15  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando

Se vai su Setting/Edit All... ti compare una finestra in cui puoi modificare manualmente tutti i parametri di visualizzazione di PyMol (parametri richiamabili pure con il comando set)

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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RNA world
Utente Junior

dna



370 Messaggi

Inserito il - 18 aprile 2008 : 14:06:22  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di RNA world Invia a RNA world un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie, quindi secondo te come è meglio modificare il parametro relativo in modo da avere il nome dei residui piu visibile o comunque non coperto dai foglietti beta?

ciao

Immagine:

28,25 KB
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RNA world
Utente Junior

dna



370 Messaggi

Inserito il - 18 aprile 2008 : 14:09:38  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di RNA world Invia a RNA world un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
mi accorgo solo ora che mi hai già indicato i parametri nell'immagine, sorry!

grazie
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