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Bely
Nuovo Arrivato
38 Messaggi |
 Inserito il - 22 aprile 2008 : 18:51:47
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Un appello ai geniacci della bioinformatica presenti sul forum, perche' questo programma mi sta facendo davvero disperare! (ho scritto anche alla mailing list su questo soggetto ma... nessuna risposta)
La questione e': ho il mio template dove all'N-terminale c'e' un'alfa elica. Il template pero' e' cristallograficamente troncato e si sa che nei residui mancanti l'alfa elica prosegue. Lo stesso vale per il mio modello. Costruisco il modello per omologia e aggiungo il restraint di struttura secondaria sui residui aggiuntivi (o anche, gia' provato, sull'intera elica) e Modeller che fa? anziche' proseguirla "linearmente", con lo stesso asse, la curva, con una distorsione enorme!
forse perche' e' troppo lunga (circa 50 residui)... non c'e' un modo per forzare questa linearita'?   
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Cittā: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 23 aprile 2008 : 09:28:30
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Sicuramente si possono impostare dei restraint aggiuntivi, ma dovresti leggerti bene il manuale perche' si trattadi allestire script specifici un po' piu' complicati del lanciare semplicemente l'oggetto automodel: di piu' non ti posso dire perche' non mi sono mai imbarcato in questo tipo di problemi.
La soluzione piu' semplice sarebbe questa: cercare due templati - uno per la porzione N-term e uno per la porzione C-term - che si sovrappongano strutturalmente in modo esteso sulla regione di giunzione (la tua interruzione nel caso). Per esperienza ti dico fin da subito che i due templati dovrebbero sovrapporsi su una regione di almeno una ventina di residui, ma il mio era un caso un po' limite perche' dovevo "giuntare" due domini su una regione per nulla strutturata e volevo comprendere anche gli elementi di struttura secondaria piu' vicini al gap.
Una cosa importante: la tua elica esce distorta pure se nella fase di ottimizzazione del modello escludi il passaggio di dinamica molecolare (inserendo nello script una linea come a.md_level = None)? |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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Bely
Nuovo Arrivato
38 Messaggi |
Inserito il - 23 aprile 2008 : 12:55:03
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Il secondo template per i residui aggiuntivi ci sarebbe, ma e' una proteina completamente diversa (che condivide con la mia un'altissima similarita' in quella regione di elica, e basta... per il resto e' completamente diversa), e purtroppo la regione molto simile non si estende a tal punto da dare una sovrapposizione sufficiente... il modello chimerico infatti viene malissimo. Ho provato a fare un blast dell'elica intera per cercare qualcos'altro da utilizzare in questo modo, ma non c'e' nulla che abbia una similarita' sufficiente 
Ho provato ad escludere la dinamica come mi avevi suggerito, e il risultato e' che anziche' curvare tutta l'elica a semicerchio come prima (eheh...tanto per farti capire), si distorce quasi a 90 gradi a livello dell'interruzione e poi, per i residui aggiuntivi con restraint, procede dritta come un fuso
Ho provato anche a mettere dei dihedral angle restraints sia a livello dell'interruzione che a livello del residuo dove ho notato che la curvatura inizia se metto i secondary structure restraints "gradualmente" (mi spiego banalmente: la mia elica deve andare dal residuo 1 al 50; dal 30 al 50 ho il modello; se metto i secondary structure restraints dal 20 al 50 l'elica prosegue lineare, se metto dal 15 al 50 inizia la distorsione). Pero' fare cosi'non e' carino, perche' poi si sfasano tutte le lunghezze di legame, gli angoli ecc ecc
Resta solo la strada del trovare un modo per mettere quello che voglio dentro uno script. Pero' sul manuale non ho trovato nulla, quindi devo inventarmi qualcosa che calcola l'asse dell'elica "prima" , e poi lo impone... peccato che in python non so fare nulla e mi sono sempre limitata ad adattare gli esempi... e vabbe'... sbatterci la testa mi sembra l'ultima chance!
Grazie dei suggerimenti! :) |
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