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Nica
Nuovo Arrivato

Cittā: Firenze


14 Messaggi

Inserito il - 23 aprile 2008 : 17:57:19  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Nica Invia a Nica un Messaggio Privato  Rispondi Quotando

Salve!
sapete se esiste un software per calcolare la sequenza di un siRNA?
Sapete eventualmente come č possibile stabilizzarli?
Grazie

kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Cittā: Monza


1303 Messaggi

Inserito il - 24 aprile 2008 : 14:08:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Mi associo al post di Nica... solo che io cerco tool di analisi per miRNA...

Per il momento ho trovato http://genes.mit.edu/targetscan per la predizione dei target e http://www.microrna.org, che dovrebbe ospitare sia il miRBase aggiornato che il tool Miranda

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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Patrizio
Moderatore

mago

Cittā: Vancouver


1900 Messaggi

Inserito il - 24 aprile 2008 : 17:09:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Patrizio  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Patrizio Invia a Patrizio un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Scusa nica...ma non capisco che vuol dire un software per calcolare la sequenza?

per quanto riguarda la stabilita'..i vettori in genere possono diventare da transienti a stabili...se il gene silenziato non e' letale..altrimenti muoiono ,questo perche' il vettore e' molto piccolo e si puo' integrare piu' "facilmente" nel genoma,ovviamente se le tue cellule dopo un mese sono resistenti tipo alla puromicina,vuol dire che si e' integrato


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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Cittā: Monza


1303 Messaggi

Inserito il - 24 aprile 2008 : 17:19:42  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da Nica


sapete se esiste un software per calcolare la sequenza di un siRNA?



Sempre per i miRNA (ma probabilmente le tecniche saranno analoghe) sto leggendo il seguente articolo, contiene pure un supplemento sullo stato dell'arte...

1: Kertesz M, Iovino N, Unnerstall U, Gaul U, Segal E.
The role of site accessibility in microRNA target recognition.
Nat Genet. 2007 Oct;39(10):1278-84. Epub 2007 Sep 23.
PMID: 17893677 [PubMed - indexed for MEDLINE]

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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Dionysos
Moderatore

D

Cittā: Heidelberg


1913 Messaggi

Inserito il - 03 maggio 2008 : 19:47:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Dionysos  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Dionysos Invia a Dionysos un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Io per progettare siRNA e calcolarne le caratteristiche uso il supersfruttato tool dell'Ambion:

http://www.ambion.com/techlib/misc/siRNA_finder.html

Volere libera : questa é la vera dottrina della volontā e della libertā
(F.W. Nietzsche)

Less Jim Morrison, more Sean Morrison!


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