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quyntu
Nuovo Arrivato

Città: cagliari


10 Messaggi

Inserito il - 22 dicembre 2003 : 13:37:12  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di quyntu Invia a quyntu un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao ho iniziato ad amplificare con primer costruiti da me . domanda quando ho aspecifico oltre al mio amplificato quali sono le modifiche che devo fare ? grazie

chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 26 dicembre 2003 : 21:32:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Prova ad aumentare la temperatura di annealing (procedi con step di 0.5-1 °C).
Questo dà condizioni di annealing più stringenti, quindi forse avrai un po' meno amplificato, però dovrebbe dare meno aspecifico.
Un altra possibilità è fare una nested PCR: in pratica hai 2 coppie di primer, una è quella che già usi, ed un'altra sarà più esterna. Fai prima una PCR con quelli esterni, poi riamplifichi il tutto con quelli interni. In questo modo se dalla prima amplificazione avrai ottenuto dell'aspecifico, questo non sarà (solitamente) amplificato anche dalla seconda coppia di primer.
Un'ultima alternativa, ovviamente, è quella di ridisegnare i primer...

Ciao e buone feste!
nICO

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