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Bely
Nuovo Arrivato
38 Messaggi |
 Inserito il - 28 maggio 2008 : 16:44:01
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Ciao a tutti!
visto che spesso mi avete dato utili suggerimenti in questo forum, rieccomi...
Allora, stavolta il problema e' questo:
devo fare l'allineamento strutturale di due proteine molto simili. L'N-terminale, in particolare, e' lo stesso, con una piccola differenza di lunghezza.
Ora, QUALSIASI (e dico QUALSIASI) software io usi (vmd, chimera, pymol, i vari server come superpose, CE, dalilite, ssap) mi viene fuori un allineamento di sequenza, su cui e' basato quello strutturale, shiftato inspiegabilmente di un residuo!
Mi spiego: anziche' avere una cosa del tipo
AAAAAABBBBBB.....
------BBBBBB.....
ho
AAAAAABBBBB.......
-----BBBBBB.......
e tutto il resto dell'allineamento sarebbe teoricamente corretto se non fosse TUTTO shiftato di un residuo!
Ho ricontrollato la numerazione dei pdb, il formato, tutto... e non c'e' nulla che non vada!
aiutatemi  
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Bely
Nuovo Arrivato
38 Messaggi |
 Inserito il - 28 maggio 2008 : 16:45:34
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| ok, scusate, e' venuto fuori male l'esempio con il post, ora correggo |
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Bely
Nuovo Arrivato
38 Messaggi |
Inserito il - 28 maggio 2008 : 16:48:47
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teoricamente corretto:
AAAABBBB...
---------BBBB...
errore:
AAAABBBB...
-------BBBBB... |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 29 maggio 2008 : 11:04:54
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Ciao,
puoi usare il tag [ code ] del forum per postare gli esempi, senza impazzire :)
Effettivamente é un po' strano, me potrebbe dipendere dalla sequenza a valle che hai.
Ma hai usato i simboli A e B per fare un esempio, oppure la tua sequenza é molto ripetitiva?
Cioè, la proteina é veramente AAAAABBBB oppure tipo ABCDEFAFACAECFAG?
Se é il primo caso, allora é noto che i programmi di allineamento hanno problemi con le regioni altamente ripetitive. Generalmente per risolvere questo problema si applica una procedura chiamata masking, che consiste appunto nel nascondere le regioni ripetitive al programma di allineamento.
Puoi fare il masking con un programma a parte (dovrebbe essercene uno tra quelli di emboss), oppure, potrebbe esserci un'opzione direttamente nel programma di allineamento.
Se invece la tua sequenza non é così ripetitiva, allora effettivamente é strano.
Potresti provare a fare un masking lo stesso, oppure a cambiare i parametri, ad es. aumentare la penalità per la sostituzione.
Ricordati che i programmi di allineamento sono generalmente euristici, quindi é un bene controllare l'allineamento a mano ogni volta che li si usa. Puoi usare un programma di editing dell'allineamento come jalview per correggere manualmente gli errori: non ti preoccupare, é una procedura accettata, basta che lo annoti nel paper/relazione che scriverai.
Con quali programmi hai provato a fare l'allinemanto?
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Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Bely
Nuovo Arrivato
38 Messaggi |
Inserito il - 29 maggio 2008 : 18:20:40
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Ciao dallolio... allora, prima di tutto devo specificare che no, non ho sequenze ripetitive, era solo un esempio.
Le due proteine sono molto simili, solo che una ha un N-terminale piu' lungo, per cui non vedo perche' debba essere cosi' arduo sovrapporle... Perche' forse non mi ero spiegata bene, ma devo fare un allineamento strutturale e non solo di sequenza... quindi sulla base della tua risposta ti chiedo: esiste qualche programma che faccia l'allineamento strutturale, nel quale si possa editare manualmente l'allineamnto di seuqneza che ne sta alla base e spostare di conseguenza le coordinate?
Ho provato con:
- l'align di pymol
- il matchmaker di chimera
- l'rmsd calculator di vmd
- molti dei server linkati qui: http://www.cgl.ucsf.edu/home/meng/grpmt/structalign.html
e nonostante tutto, nulla...
Specifico che questa situazione dell'N terminale riguarda un'alfa elica, ma non credo sia un problema di rotazione dell'elica: ho fatto lo stesso su due casi analoghi di subunita' diverse dello stesso complesso, e non ho avuto problemi di matching!
Sai quindi se esiste qualcosa con cui si possa fare la correzione manuale? |
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