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biomarco
Nuovo Arrivato



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Inserito il - 30 maggio 2008 : 12:33:35  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biomarco Invia a biomarco un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve sono un nuovo iscritto ho dei problemi con dei quesiti di genetica, qualcuno di voi saprebbe forse aiutarmi?
Elenco le domande:

1. Un vettore utilizzato nel clonaggio di un frammento di dna digerito se lo recupero da gel che forma assumerà? ad anello con un nick, triplo filamento, singolo, lineare, superavvolto?

2. Nell'amplificazione di una sequenza Alu con primer esterni nella reazione di pcr si ottengono 3 bande si può che l'evento + probabile sia:idivid triplo eterozig, 2. ci sia contaminazione del dna 3.la terza banda sia un prodotto aspecifico della reazione 4. un primer si appaia in un'altra regione di dna 5.non si ha inserito la Taq nella reazione.???

3. Se trasformiamo delle cellule batteriche con 10ng di vettore e otteniamo 1000 colonie, la competenza è di:
a.) 10^7 b.) 10^6 c.) 10^5 d.) 10^ 4 e.) 10^3 ???

4. Con quali e quante bande si presenta un plasmide estratto da batteri in un gel d'agarosio se l'estrazione comporta la presenza di un nick?
1 2 3 4 5 ????

Spero che ci sia qualche anima pia in grado di aiutarmi, non riesco a trovare risposte da nessuna parte a queste domande!!!
Grazie in anticipo

Saluti

biomarco
Nuovo Arrivato



5 Messaggi

Inserito il - 02 giugno 2008 : 13:10:56  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biomarco Invia a biomarco un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Nessuno sa aiutarmi???
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8380 Messaggi

Inserito il - 02 giugno 2008 : 19:07:28  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao biomarco!
Benvenuto sul forum!
Scusa ma a volte bisogna pazientare un po' per avere una risposta!
Le domande mi sembrano un po' strane e quanto meno non molto ben poste... comunque

Citazione:
Messaggio inserito da biomarco

1. Un vettore utilizzato nel clonaggio di un frammento di dna digerito se lo recupero da gel che forma assumerà? ad anello con un nick, triplo filamento, singolo, lineare, superavvolto?


Beh io direi lineare (se è stato tagliato in un sito unico da un enzima di restrizione!!!)
Non mi sembra molto chiaro, comunque triplo o singolo filamento di sicuro no! Ad anello con un nick no, perché si ha quando hai il taglio di un solo filamento. Superavvolto neanche perché si ha quando il plasmide non viene tagliato!

Citazione:

2. Nell'amplificazione di una sequenza Alu con primer esterni nella reazione di pcr si ottengono 3 bande si può che l'evento + probabile sia:idivid triplo eterozig, 2. ci sia contaminazione del dna 3.la terza banda sia un prodotto aspecifico della reazione 4. un primer si appaia in un'altra regione di dna 5.non si ha inserito la Taq nella reazione.???

Questa non l'ho capita molto bene
Comunque la cosa più plausibile mi sembra le presenza di un prodotto aspecifico, e ovviamente se ho aspecifico è perchè i primer si appaiano in un'altra regione! (la 4 forse è da escludere perchè dice 1 solo primer si appaia in un'altra regione... )
Sicuramente non è l'assenza della Taq altrimenti non avresti non avresti amplificazione!

Citazione:

3. Se trasformiamo delle cellule batteriche con 10ng di vettore e otteniamo 1000 colonie, la competenza è di:
a.) 10^7 b.) 10^6 c.) 10^5 d.) 10^ 4 e.) 10^3 ???


Competenza??? Dovrebbe essere efficienza!
La competenza è la capacità dei batteri di essere trasformati.
Però in genere si parla di efficienza di trasformazione quando si considerano quante colonie si formano trasformando con una certa quantità di DNA.
Efficienza di trasformazione = colonie formate (cfu = colonies forming units) per ug di DNA di plasmide.
Quindi: 10ng = 0,01 ug
Efficienza = 1000 colonie/ 0,01 ug = 10^6

Citazione:

4. Con quali e quante bande si presenta un plasmide estratto da batteri in un gel d'agarosio se l'estrazione comporta la presenza di un nick?
1 2 3 4 5 ????

Se hai un nick è in forma circolare rilassata

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biomarco
Nuovo Arrivato



5 Messaggi

Inserito il - 04 giugno 2008 : 10:42:22  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biomarco Invia a biomarco un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Le domande mi sembrano un po' strane e quanto meno non molto ben poste... comunque

Ciao, come ti capisco !!!Grazie mille della risposta!solo non ho capito bene l'ultima, le risposte presenti dunque non centrano con la domanda (potrebbe anche essere, non mi meraviglierei!)
Provo a formulare delle altre domande, scusatemi ma proprio non so dove andare a pescare le risposte!E' una cosa che non sopporto, non trovare i testi da dove studiare! Vabbè sto cercando in rete e qualcosa trovo, ma non tutto purtroppo!

Vado con un paio di domande, queste forse più comprensibili:

Un frammento che deve essere legato ad un vettore deve possedere:
a.)5' OH
b.)fosfato al 5'
c.)fosfato al 3'
d.)3' senza OH
e.)5' COOH

Io penso fosfato al 5'...

Nel clonaggio di un gene mediante pcr si usa aggiungere delle basi al 5' del primer utilizzato per:
a.)facilitare l'amplificazione
b.)facilitare la successiva digestione con enzimi di restrizione
c.)facilitare la trasformazione batterica
d.)facilitare la reazione di ligazione
e.)facilitare il recupero da gel del frammento

io penso la b

Un vettore DEFOSFORILATO rispetto ad un NON defosforilato avrà le seguenti probabilità di richiudersi in una reazione di ligazione e trasformazione:
a.)maggiori
b.)minori
c.)uguali
d.)comunque pari al 100%
e.)comunque pari a 0

io direi la b

Subclonare un gene mediante pcr consente di:
a.)aggiungere al gene i siti di restrizione desiderati
b.)amplificare per pcr il vettore
c.)digerire il gene con i siti di restrizione al suo interno
d.)utilizzare la Taq per il clonaggio


Bene ho finito, spero ci sia nuovamente un'anima pia pronta ad aiutarmi...
Grazie e complimenti a tutti per il forum è veramente ottimo vedo soprattutto che il forum è molto attivo.
ciao ciao

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biomarco
Nuovo Arrivato



5 Messaggi

Inserito il - 05 giugno 2008 : 09:59:24  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biomarco Invia a biomarco un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Lo so che sono poco chiare queste domande ma non so dove a andare a pescare le risposte!ci dev'essere qualcuno che le sa..
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8380 Messaggi

Inserito il - 05 giugno 2008 : 21:34:20  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da biomarco

Lo so che sono poco chiare queste domande ma non so dove a andare a pescare le risposte!ci dev'essere qualcuno che le sa..



Non te la prendere biomarco, ma con l'aumento di domande in questa sezione negli ultimi 2 giorni mi ero persa la tua risposta!

Citazione:
Messaggio inserito da biomarco

...solo non ho capito bene l'ultima, le risposte presenti dunque non centrano con la domanda (potrebbe anche essere, non mi meraviglierei!)

La domanda era:
4. Con quali e quante bande si presenta un plasmide estratto da batteri in un gel d'agarosio se l'estrazione comporta la presenza di un nick?
1 2 3 4 5 ????
La risposta sarebbe 1 e io ti ho precisato che tipo di banda hai, cioè: "forma circolare rilassata"
Per le nuove domande:

Citazione:
Un frammento che deve essere legato ad un vettore deve possedere:
a.)5' OH
b.)fosfato al 5'
c.)fosfato al 3'
d.)3' senza OH
e.)5' COOH

Io penso fosfato al 5'...

Si è la b
deve avere un 3’OH (ma non c’è nelle risposte!) e un fosfato al 5’
(N.B. il vettore invece può anche essere defosforilato e quindi non avere il 5’P)
Citazione:
Un vettore DEFOSFORILATO rispetto ad un NON defosforilato avrà le seguenti probabilità di richiudersi in una reazione di ligazione e trasformazione:
a.)maggiori
b.)minori
c.)uguali
d.)comunque pari al 100%
e.)comunque pari a 0

io direi la b
e.)comunque pari a 0
Un vettore defosforilato non è in grado di richidersi su se stesso!
Perché si possa avere la ligazione c’è bisogno di un 3’ OH e di un 5’P, defosforilando il vettore non hai più il 5’ e il vettore non può richiudersi su se stesso. Può invece avvenire la ligazione tra frammento e vettore perché il frammento ha il 5’ P che si può legare con il 3’ OH del vettore, rimarranno comunque 2 nick che però vengono riparati dal sistema di riparazione di E.coli.

Citazione:
Nel clonaggio di un gene mediante pcr si usa aggiungere delle basi al 5' del primer utilizzato per:
a.)facilitare l'amplificazione
b.)facilitare la successiva digestione con enzimi di restrizione
c.)facilitare la trasformazione batterica
d.)facilitare la reazione di ligazione
e.)facilitare il recupero da gel del frammento

io penso la b
Si anche secondo me la b, si aggiungono al primer delle sequenza che vengono riconosciute da Enzimi di restrizione.
Citazione:
Subclonare un gene mediante pcr consente di:
a.)aggiungere al gene i siti di restrizione desiderati
b.)amplificare per pcr il vettore
c.)digerire il gene con i siti di restrizione al suo interno
d.)utilizzare la Taq per il clonaggio

Mah... anche questa mi sembra un po’ strana.
b.)amplificare per pcr il vettore --> Di certo non amplifichi il vettore per pcr, ma il frammento che ti interessa!
a.)aggiungere al gene i siti di restrizione desiderati --> Puoi aggiungere dei siti di restrizione
c.)digerire il gene con i siti di restrizione al suo interno --> la digestione però la fai dopo la PCR... se hai inserito dei siti di restrizione poi ovviamente digerirai... ma non all'interno del gene!!!
d.)utilizzare la Taq per il clonaggio --> non è detto che tu faccia la PCR con la Taq, puoi usare altre polimerasi, meglio se con attività di proof-reading!
Quindi la più plausibile mi sembra la a
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biomarco
Nuovo Arrivato



5 Messaggi

Inserito il - 06 giugno 2008 : 09:27:58  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biomarco Invia a biomarco un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie mille GFPina!!!
Ottima spiegazione, ero infatti indeciso su quella del vettore defosforilato, solo che come avrai notato ci sono sempre almeno 2 risposte abbastanza simili ma in effetti se è defosf non può richiudersi!
Grazie ancora
Ciao Marco
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