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Autore

Discussione

BioMat84
Nuovo Arrivato

2 Messaggi

Inserito il - 04 dicembre 2005 : 01:24:48

Come posso trovare la frequenza con cui compare una determinata sequenza nucleotidica (poniamo un sito di restrizione di 4 nucleotidi acta) in un DNA che ha un contento del 30% in GC.
se qualcuno mi aiuta gli sar� infinitamente grato.

Grazie
Matteo

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 04 dicembre 2005 : 02:45:06

Hmmmm... non sono sicurissimo della risposta... pero' se supponi che la sequenza dei nucleotidi sia totalmente casuale, avendo un 30% di GC per ogni posizione avrai:

30% di trovare A
15% di trovare C
15% di trovare G
30% di trovare T

Quindi la probabilita' di avere ACTA sara' 0.3 * 0.15 * 0.3 * 0.3 = 0.00405 = ~0.4%

Ora, volendo trovare la frequenza in una certa sequenza, dovrai semplicemente moltiplicare la lunghezza della sequenza * 0.00405

Es: su una sequenza di 20000bp avrai 20000*0.00405=81 di questi siti.

Non son certissimo che il procedimento sia giusto, pero mi sembra che il discorso fili....

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Ra1D
Utente Junior

Prov.: Bergamo
Citt�: Treviglio

174 Messaggi

Inserito il - 04 dicembre 2005 : 19:59:52

Il discorso fila, per� c'� da precisare che il 30% in GC potrebbe non essere suddiviso equamente in G e C (tranne se si parla di DNA ds)
Idem per le A e T col rimanente 70%. Che volendo essere pignoli va ripartito in 35% ciascuna

Quindi la probabilit� di trovare ACTA sarebbe 0,00643125, circa 0,64%
Per il resto tutto perfetto eheehhe
Simo

...e vicinissimo al mio sapere si accampa la tenebra della mia ignoranza...