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Rò
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
 Inserito il - 26 giugno 2008 : 18:35:21
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cosa si intende per Scrambled sequence in un esperimento di transfezione?
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Rò
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
Inserito il - 26 giugno 2008 : 20:43:56
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credo servano come controlli negativi... ma non ho capito bene come funzionano...c'è nessuno ke mi possa dare una mano?
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 26 giugno 2008 : 23:28:02
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Allora, io ho sentito parlare di scrambled sequence per quanto riguarda le
transfezioni cellulari con siRNA o con miRNA o con shRNA (ma penso siano
utilizzate per qualsiasi esperimento di introduzione di acido nucleico,
per cui antisenso, ribozimi, aptameri e chi più ne ha ne metta..)
In pratica una sequenza 'scrambled' è (letteralmente) una sequenza "disordinata"
che funge da controllo nei confronti di una sequenza considerata funzionale,
ad esempio se la tua sequenza è :
ACAGAGGGTTGACCTAGGT
Il corrispondente scrambled (restituito da programmini online, tipo sul sito della Ambion) è:
GGAGCTGAGGGTCACTATA
Gli scrambled hanno la stessa composizione chimica delle sequenze originali e lo stesso
peso molecolare, per cui se transfetti delle cellule di controllo con eguali quantità
di scrambled , le porrai nelle medesime condizioni di esposizione chimica-tossica
rispetto a quelle in cui hai transfettato la sequenza originale e funzionale,
senza però ottenere gli effetti molecolari corrispondenti (che richiedono una
specifica sequenza di nucleotidi).
Io per esempio esprimo shRNA che dovrebbero avere effetti silenzianti su uno specifico
gene: il controllo scrambled mi serve per capire se un'eventuale risposta mediata da
interferone sia dovuta a quella specifica sequenza che uso, oppure sia la conseguenza
dell'introduzione di una qualsiasi sequenza dotata della medesima composizione chimica
e introdotta in quantità eguali.
Per come la vedo io gli scrambled sono più che altro un controllo tossicologico!
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Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)
Less Jim Morrison, more Sean Morrison!
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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Rò
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
Inserito il - 27 giugno 2008 : 10:41:27
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grazie...siete stati gentilissimi...io avevo una mezza idea del genere, ma volevo averne conferma... GRAZIE ANCORA! |
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Scrambled sequence
Didattica e Relazioni
