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valeriabalbo
Nuovo Arrivato
1 Messaggi |
 Inserito il - 27 giugno 2008 : 18:10:59
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Ciao a tutti mi sono appena iscritta perchè mi sembra un bellissimo forum...sono Valeria biologa al quarto anno della scuola di specializzazione in patologia clinica a Genova....devo sostenere l'esame di chiusura anno e sto trovando molte cosine interessanti in questo forum quindi perchè non iscrivermi per condividere con colleghi esperienze e curiosità.
Vi pongo subito un quesito: siccome non mi occupo di Pcr vorrei sapere cosa si intende per "Primer dimer" e "pre-Pcr mispriming"?
Grazie mille a tutti
Ciao
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 27 giugno 2008 : 20:22:28
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Ciao Valeria, benvenuta!!! 
Primer dimer sono i dimeri di primer, si ha quando i primer (o parte di essi) sono complementari tra loro e si appaiano tra di loro formando appunto dimeri! Questo può creare problemi in quanto ci sono meno primers "liberi" disponibili per la PCR e anche su gel puoi vedere una banda a basso peso molecolare dovuta ai dimeri di primers. Quando si disegnano primers per PCR bisognerebbe disegnarle le sequenze in modo che questo non si verifichi.
pre-Pcr mispriming è quando i primers si appaiano ad una sequenza "non specifica" (mispriming) prima che inizi la PCR, la Taq può amplificare comunque queste sequenze dando origine a prodotti aspecifici (questo può avvenire anche a T ambiente). Per evitare questo è bene preparare la PCR in ghiaccio e mettere le provette nel thermalcycler solo quando ha raggiunto la temperatura, oppure si utilizzano enzimi hot-start, cioè sono inattivi e vengono attivati col calore durante la fase di denaturazione.
P.S. visto che sei nuova, esiste una topic per le presentazioni:
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=462
la prossima volta inserisci la tua domanda in una delle sezioni che ritieni più opportuna in base al tipo di domanda! |
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1912 Messaggi |
Inserito il - 28 giugno 2008 : 11:23:03
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Citazione:
Messaggio inserito da GFPina
Ciao Valeria, benvenuta!!!
oppure si utilizzano enzimi hot-start, cioè sono inattivi e vengono attivati col calore durante la fase di denaturazione.
Oppure fai una Hot-start PCR se non hai enzimi hot start.... |
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pappoMI
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
Inserito il - 03 maggio 2011 : 16:33:57
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Ciao a tutti!.. è già la terza domanda che faccio in due giorni, ma sono abbastanza nuovo del campo , scusate ..volevo porvi il mio "problema".Ho un problema di formazione di primer dimer durante la pcr, ho provato a dimezzare la concentrazione dei primer da 0,5µM a 0,25 µM senza ottenere però miglioramenti.. che altro posso fare?? può essere che la temperatura di annealing sia troppo bassa e dunque favorisca appaiamenti non specifici tra i primer??(o non c'entra nulla)?? grazie in anticipo |
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Primer dimers e PCR mispriming
Didattica
